阿古柏不是中国人，这位大仙是浩罕汗国的人，所以他得算是外来入侵者。比较古怪的是，他这个入侵者不是主动来的中国，而是被人给请进来的。要说清他是怎么来的，可不容易，得倒回到乾隆年间。
新疆这块土地，在汉朝的时候就归入了中国，之后时而统一在大家庭之内，时而流落在外。当地也曾是汉人富饶昌盛的家园，但是随着中原王朝的分分合合，渐渐就彻底阿拉伯化了。等到大清入主中原并开始平定天下的时候，新疆已经形成了许多的教派领主，并且被准格尔收服。
到了乾隆年间，大清历经三代帝王，终于搞定了烦人的准格尔，顺便解放了在伊犁当人质的大小和卓兄弟。结果这次人质解救行动的后果非常恶劣，因为对于大小和卓兄弟来说，大清可不是他们的解放者，而同样是一群侵略者。大小和卓兄弟当人质虽然很憋屈，但是他们想要的可不只是自由。为了建立自己独立的*国家，大小和卓兄弟一得了自由，便开始纠合势力，准备武装反清。他们虽然扇呼起来了不少的各地城主，但是面对强势的清军，他们也只有死路一条。
大小和卓的叛乱被轻易平定了，但是大清并没有做到斩草除根。大和卓的儿子萨木克，在大、小和卓灭亡后出逃葱岭西边的浩罕国，大清没有穷追不舍，只是每年拿一万两白银，让浩罕国国王代为监视萨木克。萨木克到是没给大清添乱，不过他为自己的父亲，生了一个好孙子出来，就是同样很善于折腾的张格尔。
张格尔野心勃勃，时刻梦想在南疆恢复和卓家族的统治，建立独立国家，为此“以诵经祈福传食部落“。张格尔继承祖宗遗志，一定要搞独立国家，为此还真没少努力。早年曾在英国控制的阿富汗首都喀布尔留过学，接受英国人的顾问、训练和武器。
张格尔在英、俄及浩罕汗国的支持下，潜入南疆发动叛乱，从嘉庆二十五年，一直捣乱到道光十一年。道光六年的一次叛乱规模最大，张格尔率浩罕、布鲁特五百余人，窜回喀什噶尔附近，以礼拜其祖先玛杂(坟墓)为名，利用南疆各族部民的宗教情绪，集众万余人发动叛乱。先后攻占喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田等城，自称赛义德·张格尔苏丹，准备独立搞个斯坦。清政府命伊犁将军长龄调集吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川清军万余人，会师于阿克苏，组织全面进攻，相继收复喀什噶尔等城。道光八年初，张格尔逃至喀尔铁盖山被清军擒获，解至北京处死，叛乱平定。张格尔这次闹腾，除了赔上自己一条命，让许多无辜的官兵战死沙场之外