地方官丝毫没有意识到此事关乎中国在台湾东部番地的领土主权。
一切似乎都超乎想象的顺利，但是当日军讨“番”统领西乡从道将出兵台湾的照会直送闽浙总督李鹤年处时，却出乎意料地遭到了李鹤年的强硬反击。此后李鹤年更是多次照会西乡从道，其中名言：“本部堂查台湾全地，久隶我国版图。虽其土著有生熟番之别，然同为食毛践土已二百余年。……查万国公法云：凡疆内植物、动物、居民，无论生斯土者、自外来者，按理皆当归地方律法管辖。……据此各条，则台湾为中国疆土，生番定归中国隶属，当以中国律法管辖，不得任听别国越俎代谋。兹日本国中将照会，以台湾生番戕杀遭风难民，奉命率兵深入番地，殛其凶首，以示惩戒。在生番迭逞悍暴，杀害无辜，即按以中国之法律，亦所必诛，惟是台湾全地素属中国，日本国政府并未与总理衙门商允作何办理，迳行命将统兵前赴，既与万国公法违背，又与先时所换和约内第一、第二两条不合。”
李鹤年态度的突然强硬，是因为西方几个看热闹的出声了。最先是英国驻华大使威妥玛致函总理衙门，告知清廷日本出兵台湾一事，并在信中询问“生番居住之地，是否隶入中国版图”。稍后，英、法两国使节以及总税务司赫德也先后前往总理衙门，询问台湾生番所居之地是否中国领土。尤其重要的是，英国通过驻华使节，将来自英国驻日大使阿礼国获知的信息告知中国：“内称据东洋意见，台湾岛自某处迪南，皆不隶中国版图之内”。
威妥玛强调，清廷对台湾番地主权等认定，与英国针对此事的外交态度密切相关。如果中国认为番地不属于中国版图，则英国政府对英国民众协助日本出兵台湾不做任何限制。如果清廷认定台湾属于中国版图，则英国政府将明令禁止英国民众参与日军出兵台湾一事。法、美各国所持意见，与英国大致相似。
正是因为有了这样的变化，清廷正是明发上谕，声明：“生番地方，本系中国辖境，岂容日本窥伺。”并派沈葆桢带率领轮船军队，以巡阅为名，前往台湾生番一带察看，“不动声色，相机筹办”。李鹤年的强硬照会，与稍后的上谕精神完全一致。英、法、美诸国也均照会清廷，表示对日本的行为不予支持。
但李鹤年显然仍对领土主权为何物不甚了然，其稍后的一道奏章又回到了“天下观”里“番地不属界内”的老调：“惟念边衅易开不易弭，番地腹地，究有区分，如果倭兵扰入台湾腹地，自当督饬镇道鼓励兵团，合力堵剿。若仅以戕杀琉球难民为名，与生番