长岛是木曾三川，流入伊势湾的砂州岛屿，大体囊括北伊势，尾张海西郡，并扼守伊势桑名，尾张热田间的海上交通要冲。
长岛一直作为本愿寺分寺愿证寺的大本营存在，输出信仰，辐射着伊势，美浓，尾张这东海道三国。
这与控制北陆道加贺，越前，越中的北陆一向宗，以及近畿的石山本愿寺总本山，构成鼎足之三点，支撑着一向宗在整个天下的道场。
在前两次侵攻时，织田家是先败后胜，但皆损失不小。
而这一次，信长为了彻底拿下长岛，消除这内部隐患，为与武田家决战扫清障碍，进行了全领动员了，超过八万以上军势出征，这堪称织田家出阵兵力，动员最多的一次会战。
陆地上织田军兵分三路，东面市江口是信长长子织田信忠，西面贺鸟口是北陆军团柴田胜家，中央早尾口则是信长本队。
而海上则由九鬼嘉隆，泷川一益的水军封锁。
信长如此犹如铁桶一般围困，其目的正是要将长岛本愿寺上下一网打尽，一个人都不放过。
受到织田家大规模军势的包围，长岛一向宗上下分大鸟居城，筱桥城等五座城池据城而守。
但是这五座城池，在信长的西式大筒之前，简直不堪一击。
八月，大鸟居城率先被攻破，破城之后，信长下令屠城。
在织田家的大筒面前，之后本愿寺长岛城决定向织田家降伏。
信长答允之后，长岛城一向宗信众献城而出，结果信长毁诺，命令织田军以铁炮屠杀一向宗信众，一向宗信众全数屠灭。
而剩余的屋长岛城和中江城，见长岛城之况，宁可战死，亦不投降，信长下令织田军四面放火烧城，最后仅这两城之后，就有超过两万一向宗信众被烧死。
五城平定之后，长岛一向宗信众被织田军屠杀，为之一空。
信长终于扫清这心腹大患之后，命泷川一益进入长岛城，并将北伊势八郡之中的五郡皆交给对方，而以泷川一益为首的织田家北伊势军团编成。
斩断长岛，这本愿寺的右臂之后，石山本愿寺法主显如上人，此刻已有了几分大厦将倾，势不可挽的惊恐之意。
显如上人数次写信给武田胜赖，满纸皆是辛酸之言，希望武田家能在此出面挽救本愿寺的危难。
而武田胜赖此刻受到家中上下家臣肘制，无力上洛，亦没有办法抽出更多实力来支持本愿寺，所以亦只能眼睁睁地看着重要同盟本愿寺日薄西