1653年(永历七年)五月初一日，郑成功回师海澄，派遣甘辉守关帝庙前木栅和镇远楼之间，郑成功自率亲军驻守天妃宫，与固山金砺决战。清军以大小铳炮攻木栅，郑军多有死伤。
五月五日，郑成功率领麾下将领上敌台观战，居然打出了仪仗！清军发现后立刻向台上发炮，甘辉见势不妙，强行拖着郑成功下了高台！人刚离开，郑成功的座位就被击碎！
此战固山金砺师劳无功，兵卒多被歼灭，不得不撤退。后永历帝诏封甘辉为崇明伯、评功甘辉第一，升任中都督。
1659年(永历十三年)五月，郑成功大举北伐，声势浩大。七月攻战焦山(在今江苏省镇江市东北)，在此地祭天地百神及洪武、崇祯、隆武诸帝，军心大振。
成功自督亲军及中都督甘辉等直捣瓜洲(镇名，又称瓜埠洲，在江苏省邗江县南部)，尽歼清将朱衣祚军万余人。随即郑军进迫镇江，大败清提督管效忠数万之师，管仅以身免。镇江守将高谦、知府戴可进等来降。
甘辉向郑成功建议：“瓜(洲)、镇(江)为南北咽喉，但坐镇此，断瓜洲，则山东之师不下；据北固，则两浙之路不通，南都可不劳而定矣。”
但是郑成功没有采纳，率师直攻南京，清军南京守将郎廷佐为拖延时间等待清军回援，就诈降郑成功。甘辉却看破计谋，要郑成功速攻，不要中了敌人的缓兵之计。结果郑成功又不听。前锋营余新更是轻敌，居然放纵士兵捕鱼，毫无防备。
等到二十一日夜里，清军援军到达。清将梁化凤由仪凤门出城偷袭，余新仓皇应战，战败被擒，前锋营全营被歼灭！二十三日，清军大队抄出山后，击败左先锋杨宜。郑军去增援，结果被清军从山上往下逼，郑军地势不利大败！迫使郑成功撤退。由于事起仓促，舟船不足，郑军争夺船只，自相残杀。当时甘辉掩护全军断后。且战且退一直退到江边，身边人仅剩30余人。后来甘辉率部击杀清军一百多人，但是战马力疲被绊倒，甘辉被俘。
甘辉与万礼、余新都被解至南京，清两江总督郎廷佐与固山金砺会审。甘辉挺立不跪，万礼、余新皆跪，甘辉以足蹴之，说道：“傻子，到这里还想活命吗？”最后甘辉大骂不屈，英勇就义。
甘辉放下茶杯说道：“从最近试探的情况看，他们的火炮远胜于我们！至少比我们的火炮射程多出了二十多步！也就是说双方接战的时候，他们至少要比我们多打一轮炮，会死不少人的。”
施大瑄说道：“不用担心这