何进为大将军，封慎侯，率左右羽林、五营营士屯都亭，修理器械，以镇京师；置函谷、太谷、广成、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津八关都尉。下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
抽调北军、羽林军乃至宫廷侍卫，并在三河招募乡勇勉强凑成四万人马，任命在京述职的北地太守皇甫嵩为左中郎将、谏议大夫朱儁为右中郎将，由此二人率师出关作战，讨伐豫州颍川一带的黄巾军。另外，任命尚书卢植为北中郎将，以护乌桓中郎将宗员为副，率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋。
朱儁又上表招募下邳的孙坚为佐军司马，坚带同乡里少年及募得各商旅家兵和淮泗精兵，共千多人出发与朱儁部联军。
就在官军出征之日，太平道渠帅张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应冀州张角。
汉军在首战并未得利，于四月，朱儁军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
五月，渠帅波才围汉军于长社。汉军兵少，军中皆恐。黄巾军依草结营，会大风，皇甫嵩约敕军士皆束苣乘城，使锐士间出围外，纵火大呼，城上举燎应之，汉军主力从城中鼓噪而出，奔击贼阵，贼惊乱，奔走。
恰巧遇见前来支援的骑都尉曹操的三千兵马，皇甫嵩逐与曹操、朱儁合军，更与贼战，三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
六月底，张曼成已经屯宛下百余日。结果被南阳太守秦颉主动出击，斩之。
皇甫嵩、朱儁、曹操、孙坚乘胜进讨汝南、陈国黄巾，追波才于阳翟，击彭脱于西华，黄巾余军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，馀贼降散，三郡悉平。其后皇甫嵩率军讨伐东郡，朱儁部讨伐南阳郡。
冀州方面，北中郎将卢植连战破张角，斩获万馀人，张角等唯有撤军至广宗。卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。正值皇帝派宦官左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向皇帝诬告卢植作战不力。
刘宏大怒，用囚车徵卢植回京。京师唯有下诏再重新调整：皇甫嵩、朱儁部结束豫州、荆州战事后立刻率军北上；冀州战事暂遣东中郎将陇西董卓代之。
就在董卓接替卢植准备整军再攻广宗城之际，城郊一处山岭上