唯一的生还者是一名已经怀孕的女性，名为伊丽莎白·格林，也是大量病毒的母体。
意外发生后，黑色守望的清除行动随即开始，他们将伊丽莎白带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。
希望镇事件发生之后，黑光计划停止。
直到1980年，一个名叫雷蒙德·麦克马伦的博士创立了简泰克公司，并成为了黑色守望的下属研究机构。
他认为黑色守望短视，认不清DX-1118A病毒的价值。
在一番游说下黑光计划在黑色守望的监视下启动，并将伊丽莎白·格林转至简泰克的研究中心。
通过亚历克斯·墨瑟和克伦·帕克等研究人员的努力，提取出了新品种黑光病毒，代号DX-1118C。
然而，黑色守望发现简泰克在有关实验方面有所泄露，本就有所忌惮的黑色守望试图灭部分人的口。
此时的主角墨瑟也察觉到了黑色守望意图不善，为了活命他偷取了一小瓶病毒样品，希望以此为筹码换取自由，却在车站遭遇了前来拦截的便衣特工。走投无路的墨瑟摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。
不过幸运的是墨瑟感染了黑光病毒，并成功“复活”，获得强大力量的同时，失去了自己所有记忆。
所以为了搞清楚真相，墨瑟凭借着病毒带来的力量不断进化，开始与美丽正府部队、以及肆虐在都市的感染体战斗，寻找答案。
最终的结局倒是有些黑色幽默，亚历克斯·墨瑟没有想到的是，感染全城的病毒有他的一部分“功劳”。
不过对于罗森而言，这一切都无关紧要，他在意的是搅动所有局势的真正主角，黑光病毒！
作为一名医生，并且两天以来拿自己做了一些实验的罗森此刻也不得不感慨于它的强悍和恐怖。
表面上它是一种进化的感染性嵌合病原体，实际上却是一种能够深入宿主体内，并激活生物进化本能高度变异的恐怖病毒。
也就是说，生物宿主只要活着，就不断在进化。
罗森不知道自己现在所感染的病毒是不是和主角一模一样的黑光病毒，但是他经过两天不间断的实验发现，从某种角度而言自己似乎也不能称之为“人类”了。
他曾经切开自己的身体，却发现全身上下，甚至是模拟保留了外观和材质的服饰均是由一种以高密度高能量的血肉组织为形态，本质实为一种特殊的生物能量所构成的。
这种变