比，朝堂之上无人敢出反对之言，一应朝政皆由他他说了算，恨不能在东堂之上疾呼「大丈夫当如是」。
桓玄的荆州兵马接管了京城，北府军北府军在刘牢之的率领下并未进京，而是退守冽洲，等候桓玄兑现封赏的诺言。
刘衷得知桓玄进京，带着豫州水师千余人出长江口，驻扎在一处海岛。
当初杨安玄剿灭逐水雁，让接任的刘衷查找逐水雁的暗巢，功夫不负有心人，真让刘衷找到了这座孤岛。
岛上有淡水，许宏在岛上还积存了不少粮食物资，刘衷便将此岛辟为基地，率舰出海时会来此补给。
眼见京城被自己牢牢把控，桓玄开始「快意恩仇」，举起清算的屠刀。
首先要杀的当然是司马道子父子，司马元显的罪状很好罗列，「骄奢狂纵，残害忠良，任用女干邪」等等，与其六子被判弃市。
倒是会稽王司马道子的罪名难安，桓玄记恨当年之仇，以「贪婪骄恣、宠昵群小、酗酒、纵子不孝」等罪名上疏，建议将司马道子弃市。
司马道子与京中门阀交情深厚，常常在一起宴饮悠游谈玄，京中士族都以为处罚太重，朝议时否决了桓玄的建议。
桓玄初掌建康，亦不敢太过违逆门阀的意愿，毕竟朝堂上的众人彼此之间非亲即故。
互相妥协，最后以天子名义下诏，流放司马道子江州安成郡。
说来可悲，司马道子身为会稽王，曾任太傅、丞相、司徒、扬州刺史等要职，主政多年，被押送至延尉时，满朝文武居然无一人相送。
守孝在家的王珣之子王珣，特来道旁相拜、攀车涕泣，算是还了当年屡次征召的情份。
处理完司马道子和司马元显，剩下的小角色很快就被决定了命运。
司马元显的心腹张法顺、太傅参军荀逊、庾楷庾鸿父子、吏部郎袁遵、谯王司马道子一同弃市。
让人没想到的是桓玄居然把冠军将军毛泰、游击将军毛遂也归在弃市之列，毛泰在抓拿司马元显时痛殴了他一顿，一是解解心中怨气，二是向桓玄表明自己与司马元显誓不两立，结果弄巧成拙，自己与兄弟也成了陪斩之人。
司马元显的两大心腹，张法顺和王诞，桓玄当然不肯放过王诞。右将军桓修为舅舅求情，桓玄看在自家堂兄的面子上没有杀王诞，将其流放广州岭南。
被判流放的还有丹
阳尹司马恢之、广晋伯司马允之，太傅主簿毛遁等人，京城一片血雨腥风。