明史记载，神宗十八年，十月十四，云客山一战，大旗门、天门、青龙会、神刀盟均被边军所破，首领皆战死，余贼帝言降者不死，遂皆降。唯天门阿飞，刺老实和尚于阵前，欲再刺帝被阻，越众而去。
十月二十，帝命锦衣卫大都督刘守肃清江湖，所有江湖门派需在官府登记在册，无故不得私下械斗，违者绞。
十月三十，都察院都御史李廷机弹劾内阁首辅张白圭贪赃枉法，结党营私，帝大怒，下令严查。
十一月初四，帝罢张白圭首辅之位。
十一月十日，君臣齐聚皇极殿，帝拟内阁次辅王赐爵担任首辅，李如松督师辽东，群臣复议。
十一月十七，后病重，三日后撒手人寰，与世长辞，帝悲恸不已，无心朝政，命全城素服百日，自丧葬日起，京城内外不得宰杀牲畜，停止音乐和祭祀活动百日，官民不得嫁娶。
十二月五日，帝命朱希孝成立镇武堂，广招江湖好手，督查江湖大小事宜。
十二月初九，蒙古哱拜叛变，帝命李如松派兵弹压，旬月平定叛乱。
十二月十五，帝欲修缮武经，命江湖大小门派将门中武道秘籍上交朝廷，镇武堂一月内走遍南北门派，凡不从者，皆被灭门，余者不敢反抗，惟从。
神宗十九年，元月十七，朱希孝奉命回京，天下各门派武道秘籍皆上交大内，帝悦，命其编纂武道总经。
元月二十四内阁首辅王赐爵进献《火龙神器阵法》，该书记载了四十多种新式火器的文图，帝如获至宝，大悦，命其全力督造火炮之事，启用大批工匠入火器铸造局为大匠，不吝重银赏赐。
三月十六，日本丰臣秀吉政权入侵朝鲜，朝鲜王朝求援大明，帝命李如松、麻贵统领四万大军抗倭援朝，取得平壤大捷。
五月二十七，苗疆土司杨应龙叛变，帝命李化龙率兵平叛，大胜。
神宗二十年三月初七，大明朝内帑和太仓库银充足，帝启用南昌人刘綎，命刘綎、李如松亲率八万大军，并火炮、炸药等新火器对关外女真族，进行毁灭式打击，历时半年，建州女真、海西女真、东海女真三大部落皆亡，俘虏青壮两千人，帝命坑之。
八月二十五，帝命开通海路贸易，源源不绝的财富自海上而来，海外传教士更是带来番薯等农作物种子，帝悦，言文化自由，自此不禁外来教派进入中原传教，西域明教也因此得以重返中原。
神宗二十一年二月十日，镇武堂编纂武经一部，帝赐朱希孝镇武伯