生活了约两亿年。
大约在两亿年后,因为陨石撞击地球,大部分宝可梦灭绝,只有鸟类神奇宝贝始祖小鸟和原盖海龟存活了下来,并据此繁衍出了新的现代宝可梦体系。
随着时间的不断推移,宝可梦一代一代地进化着。地球也在这时迎来了冰河时代。冰河时代的到来,使神奇宝贝的数量再次大幅减少。
此时世界上已经有了人类。那时的人类非常崇拜传说中的神奇宝贝,尊称它们为神兽,甚至向它们祭祀和祷告,比如炎帝和凤王。值得一提的是雷吉奇卡斯。人类当时很崇拜雷吉奇卡斯,但是后来发现雷吉奇卡斯强大的力量是对世界的威胁,因此封印了他。虽然封印了雷吉奇卡斯,但是人类不知道的是,一个更加黑暗的时代即将到来。
几千年之后,一场残酷的战争在卡洛斯地区上演。那场战斗使无数的宝可梦丧生。当时卡洛斯地区的国王AZ的花叶蒂也丧生在战斗中,在愤怒和悲伤之下,AZ制造出了终极武器,并且向对方开火,以此强行结束了整场战争。终极武器太过强大,撕裂了时间和空间,创造出了两个平行世界。
在其中一个平行世界中,终极武器强大的力量倾泻在了几颗特别的石头里,这就是Mega进化石的由来,也是Mega进化的开端。而在另一个平行世界中,卡洛斯地区的战争从一开始就没有发生,终极武器根本就没有制作。
1000年之后,由于Mega进化石的影响,在丰缘地区,盖欧卡和固拉多从上古时代的沉睡中苏醒过来,并且为统治世界展开了战斗。后来在裂空座试图对盖欧卡和固拉多之间的战斗进行干预,这也导致了裂空座第一次的Mega进化。Mega进化之后的裂空座力量大增,终于平息了盖欧卡和固拉多之间的战斗。
而人类通过收集各种宝可梦,与它们达成契约,并创造出了名为‘宝可梦联盟’的机构。每个地区都会有一个宝可梦联盟。渐渐的,宝可梦变得离不开人们的生活。