九卿会议开了好几日，明珠自是论死，又开列了五十多人的明珠党羽名单。陈廷敬明白皇上的意思，反复说不宜涉人太多。可九卿会议现在是索额图为头，别人的话他半句话也听不进去，只说天塌下来有他撑着。陈廷敬苦劝不住，也就不再多说。
皇上看了折子，立马把索额图、陈廷敬、徐乾学等召了去，大骂道：“朕看出来了，你们都想趁着参明珠，党同伐异，揽权自重！这折子上提到的尚书、侍郎及督、抚、道，共五十多人。朕把这些人都撤了，国朝天下不就完了吗？”皇上把折子重重摔在龙案上。
陈廷敬说：“臣反复说过，不要涉人太多。”
皇上打断陈廷敬的话，问索额图：“九卿会议是你主持的，你说说吧。”
索额图道：“臣以为明珠朋党遍天下，只有除恶务尽，方能确保乾坤朗朗！”
皇上瞪着索额图，道：“你别说得冠冕堂皇。你同明珠有宿怨，天下谁人不知？朕仍让你出来当差，你却是如此胸襟，怎么服人？”
索额图赶紧叩头请罪：“臣知罪！”
皇上斥骂索额图半日，道：“只把张鹏翮折子上提到的几个人查办，其他人都不追究！”
徐乾学拱手道：“皇上仁德宽厚，天下百官必然自知警醒！”
索额图仍不甘心，还想说话。皇上不等他吭声，便道：“索额图休得再说！传明珠觐见吧！你们都别走。”
一会儿，明珠面如土色，进殿就跪哭在地，叩头道：“罪臣明珠叩见皇上。”
皇上道：“你就跪着吧，朕今儿不叫你起来说话了。”
明珠又是连连叩头，道：“臣罪该万死。”
皇上瞟着明珠，道：“你这该不是说客气话吧？你的确罪大恶极！但朕不是个喜欢开罪大臣的人，总念着你们的好。平三藩，你是有功的；收台湾，你也是有功的。朕念你过去功绩，不忍从重治你。革去你武英殿大学士、吏部尚书之职，任内大臣，交领侍卫内大臣酌用！”
明珠把头叩得砰砰响：“臣谢皇上不杀之恩！”
索额图听说把明珠交领侍卫内大臣酌用，脸上禁不住露出得意之色。
皇上又道：“陈廷敬转吏部尚书，吏部满尚书另行任用。”
陈廷敬忙跪下谢恩。他虽已早知圣意，却仍是惶恐。他不想叫人把自己做吏部尚书与明珠下台放在一处去说，毕竟现在明珠党羽还是遍布天下。
皇上道：“你们都退下吧，明珠留下。”