自程普拜见王允后，王允欣赏其机敏，征辟为武猛从事，留在身旁。
而程普因感激王允的提拔，遂以‘门下走狗’自居。
在皇甫嵩、朱儁两军休整期间，被王允所征辟的孔融风尘仆仆而至。因孔融名声高崇之故，曹操都出迎孔融。
王允果断拜孔融为治中，以来辅佐自己治理豫州。
在迎接孔融的同时，张虞与曹操相遇。盖那日大帐里的表现，吸引到曹操的目光，曹操主动向张虞问好。因初次见面之故，二人仅交换姓名，浅谈几句形势。
到大营后，孔融得知皇甫嵩欲坑杀俘虏，开启了喷子模式，狠狠狂喷皇甫嵩的思想价值有问题。
皇甫嵩实在不想和孔融计较，恰好也至出兵时间，遂独自率军西行，征讨逃到阳翟的波才。
朱儁后脚出发，向东急行军，征讨逃窜至西华的彭脱。
五月，皇甫嵩大破波才，朱儁重创彭脱，波、彭二人隐遁山林，不知所踪。
至此，波才、彭脱二人所率的汝、颍、陈三郡国主力黄巾被镇压。
同月，朝廷根据二将所表战功，封皇甫嵩为都乡侯，朱儁为西乡侯。
曹操因家族背景之故，直接升迁为济南国相，受命安抚济南黄巾。孙坚在朱儁的保举下，以佐军司马升迁为别部司马。
针对俘虏黄巾，朝廷下令依照王允所奏‘杀首恶，赦余孽’的安抚方案。
皇甫嵩、朱儁、王允三人配合，剿抚豫州黄巾余孽。而张虞作为王允从吏，每日忙得不行。
与此同时，天下局势又有了变化。
如南阳地区，之前张曼成杀太守褚贡，占据了宛城。事急之下，朝廷拜江夏都尉秦颉继任南阳太守，率江夏兵马，汇荆州刺史徐璆征讨张曼成。
张曼成在与汉军交战中身亡，由赵弘继任张曼成之位，勉强与荆州兵马对峙。然因豫州黄巾被汉军镇压，大量黄巾从豫州涌入南阳。赵弘聚众十余万，击败汉军，重新占据宛城。
东郡地区，卜己攻略郡县，声势浩大，断绝黄河漕运。与河北张角三兄弟呼应。
而负责征讨河北的卢植虽初胜黄巾，但形势依旧严峻。在宦官的诬陷下，卢植被下狱问罪。改由董卓出任，负责征讨河北黄巾军。
见事态发展如此，汉灵帝立马下令皇甫嵩、朱儁停止征剿豫州黄巾，各自率兵投入其他战场。
六月，朝廷命朱儁率兵南下，督荆州兵马，征讨赵弘，彻底解决南阳黄巾；