1857年5月，曾国藩倾全力进攻九江。
曾国藩在军事会议上这样跟他的部将说，九江城高墙厚，易守难攻，城里的太平军也是久经战阵，战力不俗，从兵力上来说，湘军四万对太平军三万，实力相差无几！自古兵家攻城，必拥三到四倍于守城兵力，从这一点说，湘军是不具备攻克九江的可能的。
但凡事不可以定论，当年武昌之役，湘军仅两万众，便攻克了六万太平军镇守的重镇，只要仔细筹划，找准了太平军的缺点，攻克九江还是有可能的。
九江的致命弱点就是他们的主将，伪燕王秦日纲。
此人好大喜功、刚愎自用，又好摆官架子，典型的家长作风。
曾国藩料定，秦日纲必然不会坐守孤城，定会趁着湘军初来乍到、立足未稳之际偷袭，因此密令悍将曾国荃和李续宾各率一枝人马埋伏在小孤山两侧，自己则亲率一枝人马虚张声势，前往九江城下安营扎寨。
当夜，秦日纲不顾林启容等部将的激烈反对，果然率军偷袭，曾国藩按事先计划佯装大败而逃，秦日纲不知是计率大军掩杀，结果在小孤山下惨遭重创，前去偷袭的一万大军只逃回来两千多人。
湘军初战获胜，士气高涨，将九江城四面合围起来，就是水门也以水师严密监视起来，九江城和外界的联系被彻底切断，陷入孤立无援的绝境。曾国荃以一贯的战术，在九江城四周挖掘暂壕，准备以攻克吉安的战术，长期围攻九江，待九江城弹尽粮绝之后自行告破。
秦日纲再度否定林启容等人的建议，太平军紧闭四门，任由湘军在城下闹翻天也相应不理，结果曾国荃环绕九江城的暂壕挖掘完成，形成了一道坚固的封锁线，太平军要想突破这道封锁线已经没有可能了。
到了5月底，九江城里的情势已经十分严峻了，万不得已，秦日纲只得命令周国虞集结了太平军水师，发起了一次自杀式攻击，不求克敌只求逃出一两艘船，向天京求援。结果，周国虞战死，其弟周国贤率残部顺江而下，在安庆又遭受塔齐布部将周公望伏击，最后仅剩十余艘小船逃到天京。
至此，太平军水师已经全军覆灭，千里长江已经不再控制在太平军手里了。
6月初，洪秀全认为西线局势恶化，天京外围松动，不宜再行北伐，遂不顾韦昌辉的极力反对，诏命石达开率北伐军主力南下返回天京，石达开留下石祥祯经略山东、河南，韦俊继续向北进攻，自己亲率一部返回天京。
1857年6月，满清政府终