就在张献忠攻克成都的时候，南京的弘光朝廷诏令原川陕总督樊一蘅仍任原职，又授原大学士王应熊为兵部尚书，总督川湖云贵四省军务，楚、郧、贵、广悉听其节制，并拨给饷银三万两，赐尚方宝剑便宜行事。
然而王应熊名为督师，却无师可督，只能散尽家财，招兵数千人，与樊一蘅避居遵义，开府理事，檄传各州县旧将会师共举。
很快，曾英、刘鳞长，以及余大海、李占春、张天相等诸部皆表示愿受其节制，官军声势得以复振，重新拥兵十余万，并不断向蜀中反扑，试图收复失地。
与此同时，坐镇川北的大顺四川节度使，怀仁伯马科亦率部夺回了顺庆，马科正打算从顺庆水陆并进，袭取重庆，阻断张献忠与湖广左良玉的联系，避免两军联合，然后召集摇黄十三家，走内水向西，逼大西军退往云贵山区，从而达到全据川中的目的。
没想到顺庆这边船只尚未打造完毕，张献忠已命张能奇率军三万前来攻打绵州，意图攻略汉中，直捣西安。
马科唯恐绵州有失，遂召集诸将言道：“川北之地幅员辽阔，我军兵少，难以守御，然所占之地不可轻易放弃，本镇业已驰报陛下，请增援军！今顺庆城防坚固，敌军不易攻取，故本镇决定亲率三千精锐潜往绵州，救援马爌！尔等且继续留守城中，切记若敌军来攻，只可坚守，不可轻举妄动！”
诸将齐声答应，马科于是带着三千精骑趁夜悄悄打开城门，往绵州而去。
再说张能奇将三万精兵分作三路，其中振武将军洪正隆领兵五千为右翼，走金堂、中江一路向三台；英勇将军张其在领兵五千为左翼，走什邡、绵竹、安县一路向江油；他自己则亲率两万步骑经新都、汉州、德阳、罗江，一路杀向绵州。
马科的援军前脚刚入绵州，张能奇的兵马也紧随而至。双方在城下展开激战，然而一连数日，大西军却始终无法攻下城池。
八月二十一日，洪正隆的右翼兵马由潼川赶至绵州，与张能奇汇合，此时正逢张能奇爱妾生日，张能奇见大军皆已疲惫不堪，于是下令全军暂停攻城，就地休整两日，顺便在营中为爱妾庆贺祝寿。
消息很快就由细作传至城内，马科得报大喜，却故意示弱，不开城门，只派少数老弱之兵悄悄缒城而出，掠取粮草物资。
张能奇见马科连城门也不敢开，以为城中兵少，无力出击，顿时放心不少，但为了防备大顺军夜里袭营，还是命令洪正隆派两千人马埋伏于营寨之外，以防不测。