这个世界存在着某种与科学相关的异能法则，以此法则为探索目标，人类创造出调用地壳能量的【炼金术】以及调用地脉能量的【炼丹术】。
正常情况下，此异能受多种因素制约：其一、特定的图案，想制造不同的异象需要不同的图案；其二，拥有与炼成阵对应的科学知识，无法理解该物质的构造、分解、再构筑的人，就算有炼成阵也无法引发异象；其三、等价交换法则，无法无中生有，一份质量的物体只能产生同样一份质量的物体；其四，使用者自身的某种力量，会将水炼成冰的人一大票，世界的能量就在脚下，但没有谁能够调用整个星球的能量、将大海全部变成冰。
非正常的情况也是存在的，这个世界已可使用‘灵魂’的能量。接触到灵魂层面的探索者将从世界深处领悟到更深层次的法则，可通过‘双掌合拢’省略炼成阵的绘制；若是将大量的灵魂视为消耗品，还可以无视等价交换法则，进行无中生有的炼成或非物质层面的炼成。
而正是某次非物质层面的炼成，给世界带来长久的隐患。
古代王国赛尔克塞斯王室为求长生不老之道，以奴隶-霍恩海姆的血为基础材料，牺牲多名其他奴隶炼成出【烧瓶中的小人（简称‘阿神’）】。阿神为了得到自由，唆使王室在国内画下国土炼成阵并在五个地方进行大屠杀，将自己和霍恩海姆的身体一起炼成为由高密度灵魂组成的【贤者之石】。
得到自由的阿神并不满足于此，他还想得到神的力量，成为完全的存在。他把自己的傲慢、嫉妒、暴怒、懒惰、贪婪、暴食、色欲分离出来制造【人造人】，驱使能力各异的孩子们暗中建立亚美斯多利斯国并持续扩张。
如今亚美斯多利斯国总人口已超过当年的赛尔克塞斯王国，阿神的计划步入后期，一边让【懒惰】在地下挖掘国土炼成阵，一边让时任总统【愤怒】发动侵略战争，打算以伊修瓦尔族人的鲜血作为国土炼成阵的五大印章之一。
然而——
（嘭！）未来将更名为‘斯卡’的武僧闯入地下室，即将解救改变这场战争的走向的男人。
“……好吵啊，外面……”因为亵渎地神-伊修瓦尔神而被身为族长的祖父下令关押一年之久的莱尔，双手分开被两条铁链吊着，垂着脑袋坐在地板上，似乎刚睡醒的样子。
“莱尔，大哥说你是族内最强的战士，我们需要你的帮忙！”斯卡拿着以违规手段得来的钥匙，给莱尔带来久违的自由。
他没有防备莱尔偷袭，说