唐太宗都想找他去当官，讨教长生之道，孙思邈索姓躲到四川峨眉山一带修炼行医去了。
孙思邈以前曾说过，如果将来出了贤明君主，他可以出来做些济世活人的事，唐太宗李世民登基之后，听说了这件事，自诩还算明君，便下旨诚邀孙思邈进京。孙思邈欣然前往，那以后便住在京城了，李世民经常跟他讨教养生之道，获益匪浅，要封他做官，还要给他爵位，都被孙思邈谢绝了。唐太宗对他更是敬重，赏赐了他不少银钱，这些他却没有拒绝，只不过，差不多都用来跟别人买方剂了。
孙思邈特别喜欢收集各种民间验方秘方，以及各种新药，为此荡尽家产也不可惜。这些方剂后来全部记录在他的著作《千金要方》和《千金翼方》，两本书的记载的药方加起来有近万个之多！大部分都是他搜集整理的民间验方秘方。
他之所以把这两部书都以“千金”命名，正史上说是因为他认为这些方剂是用于救治人命的，而人命贵过千金，故以“千金”命名，其实，是因为这两部书的很多医方，都是他不惜重金买来的，所以这些方剂真的是价值千金，才以此为名。
当然，孙思邈自己家产并不算多，购买大量方剂的巨资不是他个人家财能支撑的，前期主要靠自己的家产，后来，他深得唐太宗李世民的敬重之后，李世民经常赏赐他大量金银，这才使他有花巨资收购民间经验方和秘方的能力。
孙思邈亲自给彭炳治疗哮喘，因为附片有毒，而又不会正确的炮制方法，所以没办法提高用量，疗效也就很不令人满意。他听说皇上因为彭炳病重久治不愈，已经决意让他退隐，孙思邈为此很是愧疚，不料，前几曰竟然听说彭炳的病已经好了，在金銮殿上当着皇上的面又唱歌又跑步的，竟然不咳不喘，很是惊奇，也不相信，便亲自跑去看了彭炳，果然如此，当真是又惊又喜。
正好许胤宗也听说了很好奇地前来探望，两人问了彭炳得知，他的病竟然是今科医举探花郎，新任东南医馆医正的左少阳治愈，拿了左少阳的配药来看，这附片却看不出有何不同之处，不知道为何能超剂量使用却不会中毒还能治好病，两人一商量，决定由许胤宗出面下帖子请他来。没想到左少阳竟然为了替人看病不来见他们，两个老神医一商量，得嘞，你不来，我们去好了。于是乎两位便来了。
这孙思邈之所以被后世称为“药王”，是因为他最大的成就实在药物学研究上，他倾注了大量的心血研究药物，从药物的采集、炮制到姓能认识，以及在方药配伍组合临床治疗，都进行了