尉直接统领；六排一百五十人为一标，设正副偏尉各一名并监军一名；五标七百五十人为一曲，设正副裨校各一名并监军一名；五曲并一加强标四千人为一营，由偏校领军，设正副偏校及监军一名；五营并加强标两万一千人为一军设正副军将各一名并监军一名。
行军作战上，以曲作为基本作战单位，常设营，而不长设军。各营平时驻守地方，战时则由军令处抽调各营组为一军，并委派将军统领。战时将军对各营拥有绝对的管理权，而这个管理权在战后除了有特殊的必要之外即行解散。
在训练和装备的统一上，李晟的整军计划中将自己现有的十万多人整编成二十五个营。其中长枪整编营四个，弓箭整编营四个，骑兵整编营三个，步兵混合营六个，水兵营四个，水兵陆战营一个，工兵营三个。
所谓长枪整编营则是大盾兵与长枪兵混合的编制：即一伍中有两名大盾兵、三名长枪手。大盾兵装备一人半高的巨盾一面，手弩一把，短剑一把，投枪三支，以皮甲为护具，立于队伍的最前方，作战时以巨盾着地，侧身以肩抵盾，以投枪及远，以手弩及近；长枪手根据各自所占的位置不同装备一丈到三丈不等的长枪一支，投枪五把，以皮甲为护具，立于大盾兵之后，以投枪及远、长枪及近形成枪林之势，平推应敌。
所谓弓箭整编营则是大盾兵与弓箭手混合的编制：即一伍之中有两名大盾兵，三名步弓手。大盾兵装备一人半高的巨盾一面，手弩一把，短剑一把，投枪三支，以皮甲为护具，立于队伍的最前方，作战时以巨盾着地，侧身以肩抵盾，以投枪及远，以手弩及近；步弓手装备弓一把，矢两壶，手弩一把，矢二十支，短剑一把，以皮甲为护具，立于大盾兵之后，以弓箭及远，手弩及近。
整编骑兵营为轻甲骑兵的编制，骑兵着皮甲，配丈八长枪一把，投枪五支，马刀一把，弓一，矢五十，一人双马。战时先以弓箭至远处攻击，而后接近以投枪，及敌乱方可以长枪执手布阵冲锋。（马刀为李晟军新的装备，刀长四尺，可单手把握，刀身厚重，开单刃，以取代原本装备于军中的斩马剑。）
步兵营则是用于近战、混战的编制，一伍之中备刀手一名，枪兵两名，弓手两名。刀手一长柄马刀为主要武器，配备长柄马刀一把，投枪三支，以皮甲为护具。枪手一名以连丈长枪为主要武器，另配短柄马刀一把，投枪三支，以皮甲为护具。弓手装备弓一把，矢两壶，手弩一把，矢二十支，短剑一把，以皮甲为护具，位于伍之正中，以弓箭及远，手弩及近。