应天府皇城中的战斗结束了，城池各处的战斗随着新军的加入，也渐渐的平息。
除了满八旗士兵抵抗最激烈之外，蒙八旗和汉八旗，在知道必败之后，除了少部分从其他城门逃走之外，纷纷选择了投降。
战至最后，很多无路可走的满八旗，也只能放下武器，选择投降。
战斗一直持续到深夜，新军士兵在全城搜索漏网之鱼。
应天府被清军占领连半个月都不到，自然无法在这么短的时间内收拢民心，城中百姓只是慑于清军淫威而不敢反抗。
新军名声在外，现在新军夺回应天府，他们自然是非常拥护的。
此时，正是痛打落水狗的时候，胆子稍微小些的，知道躲藏清军的下落，立即报告新军。
胆子大的，立即纠集周遭邻居进行围攻，或是将敌杀死，或是捆缚起来扭送给新军士兵。
一时间，清军俨然成了过街老鼠，连一些关宁军差点都受到波及。
因为城中的关宁军才得知吴三桂率军向新军投降不久，然后又立即对清军发起了进攻，一直在战斗中，所以就没有时间统一将脑后的辫子去掉。
普通老百姓自然无法轻易分辨出满八旗、蒙八旗、汉八旗之类的，看到带辫子的就本能的认为是清军了，就连很多新军士兵都无法分辨。
所以弄得关宁军都不敢单独行动了，要么成群结队，要么和新军一起。
这种清剿，一直持续了一夜，直到天亮，新军士兵似乎还显得精力很旺盛，意犹未尽的样子，好久没有打过这么痛快的仗了。
以后这么痛快的仗也不好遇到了，毕竟偌大的大明，京师也只有两个，一个应天府，一个顺天府。
这次是应天府，现在就只剩下千里之外的顺天府了。
八月五日，应天府正式被新军攻占，施琅第一时间将消息向唐宁通报之外，然后按照命令着手稳定应天府的局势。
安抚百姓、清理尸体、救治伤员、恢复城内居民的正常生活。
在这期间，原本向清军投降，并为清军所用的大小官员，又摇身一变，恬不知耻的拜见施琅。
有些人甚至厚颜无耻的表示自己只是以身犯险，趁机混入清军之中，以待有利时机与新军里应外合……
这些人就包括阮大铖、钱谦益之辈。
如果不是唐宁下令暂时不要大开杀戒，别说新军将士，就算是城中的很多百姓，都想将这些恬不知耻之辈给活剐了。