通过对人类阿凡达的审讯，一个巨大的阴谋浮出水面。
原来人类早就悄悄的重返了潘多拉星球，并且在潘多拉的海洋中设立了秘密基地，准备在水下出其不意的向纳威人发动奇袭。
第一波攻势之后，更是会有盘踞在半人马α星系宇宙空间里的人类太空总部，向潘多拉发起总攻。
而被杀死的那个纳威族精英，就是无意中发现了人类在海边的秘密活动才惨遭毒手。
一时之间，整个潘多拉人心惶惶，经历了上一次战争，纳威人自然十分清楚地球的军事力量，上次区区数千雇佣兵已经搅的潘多拉天翻地覆，何况这次穷途末路的人类倾巢出动。
杰克明白，他最担心的事终于发生了，很快这个美丽的星球就要再次面临战火的洗礼。
无论结果如何，他必须想尽一切方法挽救这里的生命。
不过面对这种情况，杰克其实也早有准备。
5年前的那场战斗结束后，纳威人缴获了数量庞大的武器装备和科研设施。
当初娜塔莉和其他部落的一些首领都建议他销毁这批武器装备，认为它们是潘多拉根本不需要的“充满肮脏的杀戮兵器”。
只有杰克知道，只要地球人对潘多拉贼心不死，这些武器装备迟早会有派上用场的那一天。
于是，杰克秘密组织了一个科研团体，笼络了纳威人各部族的人才，对这些武器进行改造研究，以备将来的不时之需。
同时，他还把自己过去的人类身体，放在了一个巨大的培养皿中，维持基本生命体征。
这一切行动都是在极度机密的情况下进行的，甚至连娜塔莉都不知道。
然而人算不如天算，地球人的海底攻势突然提前发动，整个潘多拉陷入了一片慌乱之中。
原来，地球人想到阿凡达被俘的可能，就在他们的指关节处安装了特制的通信器，只要对着墙面轻轻扣击莫尔斯电码就可以传递信息。
纳威人由于心地纯良，对被俘的阿凡达疏于防范，反而让他掌握了一些有用的情报，并且通过体内的通信器传递给了宇宙间的人类太空总部。
来不及多想，纳威人纷纷投入战斗，新的、更加强大的潘多拉生物纷纷出现，大展神威，再次帮助纳威人击退了敌人。
地球人躲进水下基地，用特殊的水对地导弹对潘多拉各部族成员及各地的神树狂轰滥炸。
杰克派遣了一批部族精英携带水下呼吸器向着人类海底基地发动