二艘船被炽热的炮火击沉，五十多艘船逃亡台岛，其余全部被俘。
五月二十八，华军以伤亡7人，没有舰船损失为代价，占领澎湖。
休整两天之后，华军继续进攻。
海盗军在主基地之一的基隆外海沉船五十余艘，制造人工障碍物，尝试阻击华军。
六月初一华军登陆舰队趁着涨潮强行通过水下封锁线，几艘新式重型炮舰直接从水下沉船上方驶过，压开一个通道，旧式舰艇立刻从这个通道涌入港口。
海盗军随后发起大规模反击，至少五十艘装有各种型号的铁炮、铜炮、木炮的炮舰掩护大约两百艘小型火攻船强冲拥挤在封锁线内的华军舰队。
华军新型炮舰部队侧舷对敌，组成一条战列线，向敌军倾泻最大火力。
水兵也在船舷边缘使用步枪增强火力，最后华军用一些舢板系留在炮舰前方，阻挡火攻船靠近。
双方激战两个时辰，所有火攻船损失殆尽，五十艘海盗炮舰有11艘被击沉，17艘被俘，其余退回港内。
华军损失六十艘舢板，另有一艘炮舰被焚毁，35人阵亡，33人受伤。
当天下午华军发起对基隆的登陆作战，华军登陆之后，海盗在陆地上组织两次反攻，但没有取得任何成绩。
六月初三，华军已经完成对基隆的合围。
六月初四清晨，天降大雾，海盗军发起最后一次大规模海上反击作战：大约二十艘炮舰掩护三十多艘小船，趁着大雾伪装成华军舰艇，接近华军炮舰部队，随后发起跳帮作战。
海盗们一度跳上几艘华军炮舰，然而他们很快就被米涅枪手和发射霰弹的轻型甲板炮一一射杀。
纵使如此，此次接舷战也是海盗军交换比最好的一次战斗：海盗军损失两百人，华军损失七十人。
不过，被偷袭后，暴怒的华夏海军对附近的海盗船进行持续追杀，至少三十艘大小船舶被击沉，其余溃散——这次华军没有保留俘虏。
六月初六，华军发动对基隆的总攻，当天攻克基隆。
攻克基隆后，华军在本地进入休整，同时躲避台风季节。
一直持续到十月初，华军才再次发动进攻，这次华军海陆并进，十月初五占领淡水，两天后占领南嵌，十月十二占领南墅，十五日占领新港，二十二占领崩山。
十月二十三，海盗军纠集最后主力两万余人，外加本地巴布撒社、猫雾悚社等猎头族猎人八百，在大甲溪一带进行陆地上的