在通过一番震撼人心、印象深刻的讲话，让玄门弟子明白为什么玄门要一次次进行制度改革之后，沈奇终于开启了玄门内部构建与制度的第三次改革。
首先，沈奇明确了玄门掌门之下第一层权司，传功、风纪、赏罚、后勤四大殿基本不变。但是，在这四大殿的基础上却又进行了更加细致的部门构建。
传功殿下，设内院传功司与外院传功司分别负责内、外院日常的武学传授。另外，玄门内部收藏秘籍的玄天楼也归到传功殿名下。
沈奇亲任传功殿主事（长老），真传季长生负责具体事务，另设内、外院传功司司使各一名，执事若干，辅助处理传功殿日常事务，人员皆从内院选拨。
风纪殿主事长老还是叶红梅，郭重为风纪长老，真传廖霜、周岚、康虎协助处理日常事务。另在各府建风纪分堂，设分堂主一名、风纪使若干，皆从内院弟子中选拨。
在一州之地则建风纪总堂，设总堂主一名，执事数名，风纪使若干，统领州内各府风纪分堂。
赏罚殿主事长老为秦湘儿，李文曦为赏罚长老，秦湘儿真传第五雪、沈奇真传洪瑶、梁凉协助处理日常事务。
另在其下细分任务发布司、考功司、刑罚司、统筹司，各设司使一名，执事若干，人员从内院选拨。
后勤殿主事长老仍是楚蓦然，梦姬为后勤长老，从内院弟子中选取后勤执事若干，从内院弟子家属中选取管事若干，协助处理日常事务。
如绝壁山上灵田、灵池、药园、牧场、养殖场、大食堂等皆归属后勤殿；玄门治下各地灵玉矿、金矿等重要矿产，同样归属后勤殿。外院弟子皆需听从后勤殿征召。
第二层权司是炼丹房、听风阁。
炼丹房依旧由木缺负责，另由真传季长生以及木缺数位真传协助处理日常事务。
听风阁则是玄门的情报网名字，之前是由季长生负责，但现在沈奇需要季长生负责更多门派内部事务，便任命苏沐尘为新的听风阁阁主。
第三层权司需要负责管理玄门分散在领地内各处任职的弟子，如武道司、武学、武阁以及某些重要、敏感地方的治安司等机构的玄门弟子。
如果是各地机构去区分，管理上就很容易混乱，也不好协调。因此，沈奇在各府设立玄门分舵，在一州之地设立一个玄门总舵，进行统筹管理。
至于说各地的府衙、县衙，归政事堂管理，在中下层是完全和玄门分离开的。
玄门在地方上的