太祖皇帝朱元璋处死丞相胡惟庸之后，就撤销了存在上千年的丞相一职，同时将中书省、门下省废除，只剩尚书省，但是却不设立首席长官尚书令，甚至连左右仆射都不设，这样，皇帝以下，就是六部尚书，同时，加上督察院、通政司、大理寺，一共九个部门，称为“九卿”，权力平行。【】
明代中枢政务机构朱元璋时期曾设有太师、太傅、太保（三公）和少师、少傅、少保（三孤），作为皇帝的佐官，辅佐理政。明成祖上台之后，废除了三公三孤，改设内阁，置内阁学士，官阶五品，帮助皇帝处理朝政。在这时候，内阁还仅仅是国事咨询机构，明朝中后期，这才逐渐演变成了决策国事的重要力量。
明成祖成立内阁以后，把原来宰相拥有的决策权牢牢把持在自己手中，议政权分给内阁，行政权分给六部（刑部行使的是司法权、兵部行使部分军事权），部分司法权分给了督察院、大理寺。而兵权是牢牢控制在明成祖手中的，督察院虽然统辖有卫所军队，却没有调动的权力，而兵部更是只负责军队的训练和武器装备管理等等行政事务。不过，五军都督府的都督可都是追随明成祖夺江山的靖难功臣，地位显赫的国公侯爷。
刚才明成祖点名的这些人，可以说是明成祖时期的最高权力群。昨天晚上太子朱高炽病重，太医说他最多也就三五年的命，少则三五个月。今天早朝，明成祖就将这些最高辅佐官员聚集文渊阁议事，恐怕十有**与太子的事情有关。
不料，进了文渊阁之后，明成祖第一件事并没有说太子的事情，而是阴着脸对纪纲道：“纪爱卿，在朝堂上刚才有些话朕不方便说，现在朕问你，你是否已经知道林远被杨爱卿无罪开释的事情，这才故意借口收尸，想让朕注意此事，好治他一个抗旨之罪，对吗？”
纪纲吓得咕咚一声跪在了地上，连连磕头。
明成祖重重哼了一声：“朕多次说过让你们不要窝里斗，你将朕的话当耳旁风吗？你这花花肠子以为朕不知道？就凭你绕着弯整杨爱卿这一点，就是抗旨不遵，其心可株！”
纪纲从来还没听到明成祖对他这么严厉的说话。顿时吓得脸色煞白，除了磕头，不敢言语。
对于纪纲以前对别的大臣的栽赃陷害，明成祖从来都是言听计从，一帆风顺，可自从杨秋池进了京城来了之后，纪纲发觉自己处处受制，皇上也不怎么听他的了。现在皇上又点明了他鬼主意，甚至直接定姓为抗旨不遵，这可是砍头的重罪，怎不由他心惊胆颤。
明成祖