自初代联盟领袖率领反抗军对抗天网，已经过去长久时光，久远的历史被掩盖在深厚的阴霾之下，亦或是被隐藏于浩瀚的万古光阴中。
对于那段岁月，现在的反抗军对此不甚了解，因为四次大转移和一次跨越诸多河系的漫长远征，这长达数千年的跋涉，令人类失去了许多典籍，只有十大原体和星际战士军团中才留有一些古老的传闻，而神魔一般的原体对那段岁月向来也是极少提及。
人类只能知晓，率领他们脱离天网养殖禁锢的初代领袖，是一位年轻的女子，她被现在的人们称之为女皇，也有人称呼其为伟大引导者，传闻说，有一尊圣灵引导她将人类拯救出苦海，缔造出如今反抗军与天网隔着河系空洞对峙的局面。
最初的第一个千年，是十原体依次诞生，带领人类对抗天网，并抵抗围剿的岁月。那段时间，通过逆向天网的科技，以及联盟领袖那浩瀚如海的智慧，反抗军凭借海拉之心创造出自己最初的根据地。
但这并不长久，因暮光天网的力量远超所有人想象，当注意熄灭万千星辰的黄昏大军，携裹着数十颗战争死星而来时，纵然是原体也节节败退，哪怕是传闻中不朽不灭的领袖，也难以对抗这种绝对的数量级压制。
所以，第一次大转移开始了——反抗军通过超空间网道技术脱离了暮光天网的核心领域，来到河系边缘处的偏远地带，并在这里休养生息。
在这里，反抗军的科技得以极大发展，时间网道令他们可以沟通平行时空，得到不同思路的技术，而超空间网道可以令他们快速获取一个个资源点位的丰富物质，人类在这里几乎抵达大同境界，绝大部分沉睡在虚拟世界中的人类也从海拉之心中走出，为人类在物质世界打下坚固的锚点。
但天网的力量如附骨之疽，紧随而至，它们也掌握了超空间的力量……才刚刚休养不到百年的人类再次被迫开始转移。
这一次，凭借黑洞扭曲而成的虫洞效应，反抗军再次逃脱，他们这一次来到了另一个完全陌生的河系，一个偏远，黯淡，在星空中根本无法被观测到的河系。
第二个千年，是人类安稳发展的千年。
于并非是家乡的河系，人类为了快速发展，人工在这陌生的星空中坍塌恒星，制造大量人工虫洞，作为简易的时空桥。
在这段时间，联盟初代领袖逐渐隐退，十大原体和星际议会成为统领反抗军的主要政治力量，但中有人说，领袖并非真的消失不见，亦或是衰老死去，她只是隐去姓名，前往人类