1939年3月21日，委员长派遣杀手进入河内刺杀汪精卫，失败。
同月，军统局总部再次进行改组。
改“科”为“处”。
秘书室设四科九股、工作人员招待所和诊疗所，由秘书主任毛人凤统一管理。
第一科改第一处，又叫管理处，下设四科五股。
第二科改第二处，又叫情报处，下设军事科、政治科、国际科三科，又设作战股、敌情股、军警团队股、行动机关股、秘密社团股、日伪汉奸股、欧美外事股七股。
从这一设定来看，二处为整个军统局重中之重。
处长为军统局上海潜伏区区长孟绍原！
孟绍原权势滔天。
重庆戴老板，上海孟少爷。
这一说法已经被军统局上上下下所接受。
孟绍原不在重庆期间，由副处长王南星主持具体工作。
这一时期的孟绍原，开始逐渐走上巅峰。
有人也曾经提出异议，说孟绍原既是上海区的区长，又兼任第二处的处长，人在上海，如何管理第二处？略有不妥，建议重新安排二处处长人选。
但这一提议无人理会。
孟绍原身后站着的，是戴笠，是孔祥熙，甚至那位委员长也对他青睐有加。
而在外勤组织方面，则细分为“华中”、“华东”、“华南”、“华北”、“国际”、“其他”，其下再分各“区”、各“站”、各“组”、各“小组”。
华东方面为上海潜伏区更名为上海区，区长孟绍原。南京区，区长钱新民。杭州站，站长，站长徐松坚。浙江站，站长童襄。安庆站，站长周翼。屯溪站，站长曹飞鸿。
统计外勤组织数目，情报布置计有区10、站36、组165、小组128。
至1939年，军统局注册特工为9314人，不含外围成员。年龄集中在21到35岁。其中21到25岁最多。
这一年龄段牺牲者也最多。
比如在南昌牺牲的季双，时年仅仅只有22岁。
这个年纪，正是青春年少的时候，可就是这么一群年轻人，已经在各条战线流血、牺牲。
而更加让人感到震惊的是：
军统局人员的教育水平为全国最高！
光是大学及专科人员就有990人，国外留学生为174人！
其注册特工，学历最低的也接受完了小学教育，为1072人