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既薅来了大量天赋，又把控住了军士们的质量，同时也立下了自己的崇高威严。
此外，在公布镇抚军的正式名称及“新选组法度”的同一时间，其组织构造亦渐次亮相。
新选组并非单纯的、只负责作战的军队。
而是一个军政一体、完整的、半独立的军事集团。
既然如此，其内部自然并不仅有战斗部队。
目前的新选组，共有四大部门——
负责街头巷战、野战冲锋等近身战的【拔刀队】。
负责监察军士，维护新选组的法纪、军纪的【都察局】。
负责处理行政工作的【总务司】。
负责管理财政及后勤的【财务室】。
在青登的巧妙设计下，新选组的权力架构乃非常经典的金字塔型。
青登本人的官职是“京畿镇抚使兼新选组总队长”，乃新选组内毋庸置疑的最高领袖，拥有说一不二的至尊权力。
自他之下便是分别掌管四大部门的4位最高负责人：
拔刀队的“副长”：土方岁三。
都察局的“局长”：近藤勇。
总务司的“总长”：山南敬助。
财务室的“室长”：目前没有合适人选，故暂时空缺。
再往下，便是拔刀队的队长们。
拔刀队下辖10支番队，每支番队各有1名队长，他们分别是：
一番队队长·冲田总司。
二番队队长·永仓新八。
三番队队长·斋藤一。
四番队队长·芹泽鸭。
五番队队长·新见锦。
六番队队长·井上源三郎。
七番队队长·千叶佐那子。
八番队队长·藤堂平助。
九番队队长·木下舞。
十番队队长·原田左之助。
其中，一、二、三队为战力最强的主力部队。
四、六、十队为二线部队。
五、七、八、九队为后备部队。
队长之下就是基层人员。
拔刀队的“队士”。
都察局的“目付”。
总务司的“支配”。
财务室的“勘定”。
上述四者分别为四大部门的基层人员。
除了四大部门的四位长官之外，另设“参谋”一职，担任者：清河八郎。