六月初，郑勋睿回到了淮安，此次征伐的时间不长，前后也就是一个多月的时间，马上就要到秋收季节，郑勋睿这个时候回来，时间也算是合适，每年秋收季节，也是总督府征收漕粮的关键时期，按照朝廷的规矩，这个时候漕运总督必须是亲自督阵的。
不过郑勋睿不需要操心那么多，漕运的事宜，他已经进行了规范，总督府的每一个官吏，职责都是明确的，这征收漕粮的事宜，以前因为有火耗，有多征收的粮食，官吏可以从中获取大量好处，所以人人都盯着，如今这一切全部都不存在了，每个环节都有明确的规矩，而且漕运总督府有专门的名册，这都是各级官府禀报上来的，遭遇灾荒或者是家境特别贫寒的农户，经过官吏核查属实，不仅不缴纳漕粮，官府还有予以一定的补贴，让其能够生活。
催督参政马士英和理漕参政史可法这个时候是最为忙碌的，马士英直接负责征收漕粮的事宜，史可法必须协助马士英负责征收漕粮的事宜，这征收漕粮的事宜，重点是各级官府负责的，但总督府必须要监督，主要的责任也是在总督府，也就是说，若是漕粮不能够征收齐，直接负责的就是马士英和史可法等人。
所以秋收季节在即，郑勋睿倒是显得很轻松，马士英和史可法则是异常的忙碌，奔波于淮北以及大运河沿途各地，督促官府完成漕粮的征收任务。
郑勋睿出任漕运总督一年多的时间，已经将淮北诸地治理的很好，毕竟他兼任四府三州的巡抚，但也有他力不能及的地方，那就是大运河其他需要征收漕粮的地方。包括南京和杭州等地，这些地方征收漕粮的陋习还是普遍存在，唯一出现变化的是码头，因为码头是洪门牢牢控制的，各地的漕帮已经被总督府全部剿灭。
这里面矛盾自然就出现了，各地官府和官吏。想着能够从漕运之中获取大量的好处，可码头上的事宜，悉数都被洪门控制，其实也就是总督府控制，虽说郑勋睿是太子少保、户部尚书、右都御史，但山高皇帝远，距离淮安太远的地方，郑勋睿无法插手。
故而一些冲突也会出现，并且在码头上面出现。多是当地的混混无赖与洪门之间的冲突，其实混混无赖背后就是当地官府暗地里的支持，郑勋睿对这些事情心知肚明，他要求洪门毫不留情的打压当地的混混无赖，只要敢在码头上闹事，那就毫不客气的收拾，至于说当地官府出面解决争端，就由郑勋睿直接出面应对。
郑勋睿右都御史的官职。令很多的地方官吏畏惧，拥有这个职衔。郑勋睿可以直接弹劾甚至是