漕运的迟滞，已经明显影响到北方的诸多事宜，粮食短缺已经在某些地方显露出来，至于说漕运总督府，也有解释，无非是运河长时间没有整修，影响到了漕运等等。
朱由检可没有那么多的耐心，不会听漕运总督府的解释，他认定这就是郑勋睿的挑战，也许郑勋睿已经察觉到情况不对了，所以开始出手了。
郑勋睿这样的态度，让朱由检勃然大怒，他没有耐心继续忍下去了，身为大明的皇上，一言九鼎，普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣，郑勋睿的胆子也太大了，居然敢于挑战皇上的权威，岂不是比袁崇焕等人更加的可恶，如此的情况之下，朝廷若是还没有什么表现，那岂不是显得软弱无力了。
到了这个时候，朱由检已经将郑勋睿视作了异类，必须要干净利落除去的另类，因为郑勋睿已经威胁到了皇权的统治。
人的思想改变，有些时候很是奇怪，朱由检登基的时候，面临的是哥哥留下的一个乱摊子，大明的江山岌岌可危，他夙兴夜寐，想着能够振兴大明，想着做千古一帝，于是他果断的清理阉党，重用文臣，甚至到了凡是魏忠贤当初坚持的东西，清一色的反对，凡是朝中大臣提出来的建议，清一色的赞成，登基的头四年时间，他废除了监军制度，不准太监掌控任何的权力，他毫无保留的信任内阁，采用会推的方式举荐内阁大臣，他对袁崇焕的信任到了无以复加的程度，甚至袁崇焕不请旨斩杀毛文龙这样的大事情，也忍下来了。
可是随着时间的推移，随着年龄的增长。朱由检发现自己错了，大明的情况不但没有好起来，反而愈发的糟糕，流寇肆掠，震动了北方，后金鞑子隔三差五的侵袭。威胁到北直隶和京城，而天灾更是频繁，他将这一切都归咎到满朝文武大臣的身上。
从这个时候开始，朱由检不再完全信任文臣，他开始信任和重用身边的太监，让司礼监协助他控制内阁的权力，重新派遣监军掌控军队。
郑勋睿的能干，曾经让朱由检欣喜，特别是年轻的郑勋睿。以殿试状元、翰林院修撰的身份主动申请外调，成为延安府知府的时候，朱由检是打心眼里高兴的，后来郑勋睿组建了郑家军，不需要朝廷拨付一钱银子的军饷，而且郑家军在陕西打的流寇魂飞胆丧，在很短时间之内稳定了延安、延绥和陕西等地的局面，这让朱由检异常的感慨。
后来在提拔和重用郑勋睿的时候。朱由检也是力排众议，让年轻的郑勋睿身居高位。而且朱由检还少有的允许郑家军发展壮大。