作为大明的留都，南京官府机构的设置，与京城几乎是差不多的，这里有六部和都察院等朝廷机构，也有司礼监和锦衣卫等皇家特别的机构，包括翰林院、国子监等等，都是一应俱全，只是从职责方面来说，南京的六部及都察院等等，与京城的大不一样，其中最大的不同之处在于，南京没有内阁。
按照朝廷的要求，南京是皇太子驻扎的地方，不过这已经是老黄历了，实际上没有哪一个皇上真正将太子放在南京的，大都是偶尔去看看，到了万历年间，皇太子根本不会到南京去，基本都是留在京城的。
南京的皇宫，规模比北京的紫禁城要小一些，但这里是大明朝廷开国的京城，当时称之为金陵，太祖朱元璋就是在这里登基的，成立了大明王朝，后来朱棣从建文帝朱允文手中夺过皇位之后，迁都北京，将南京定为留都，将朱元璋的老家凤阳定位中都。
南京兵部尚书代表皇上管辖南直隶，包括中都凤阳，镇守太监代表皇上驻守在南京皇宫，直接管辖锦衣卫和诸多的太监，为南京京营的监军，守备勋臣代表皇上管辖南京京营，这三人是南直隶权力最大的人，三人以南京兵部尚书为首。
南直隶的赋税，大部分都留在了南京，由南京六部决定如何的开销，不过随着时间的推移，南京六部和都察院的权力越来越小，南直隶的赋税，一部分被直接征调到京城，进入了户部的府库，留给南京户部开销的赋税，数量逐渐减少。
南直隶是大明最为富庶的地方。尽管京城征调了部分的赋税，但留下来的赋税还是不少的，崇祯元年以来，甚至出现过南京户部结余的银子多余京城户部结余的银子，当然这不是从总量上面比较，而是在开销之后。结余的赋税方面，南京超过了京城。
皇上曾经想着从南直隶征调更多的赋税和粮食支援遭受灾害的北方，可遭遇到朝中大臣的激烈反对，最终不了了之。
南京六部的官吏，其身份地位与京城的是无法比较的，朝中文武大臣都明白，被派遣到南直隶，基本都是遭遇贬斥或者是年纪大了，安排一个地方颐养天年。南京六部尚书，除开兵部尚书稍微好一些，其余的悉数都是闲职，没有多少的事情做，也没有多大的权力。
从个人的收入上面来说，那就更无法比较了，京城的官吏，只要是掌握实权的。每年获取的地方官孝敬的冰敬和炭敬数量不少，这些银两足够京城不少官吏过上奢侈舒心的日子。可南京六部和都察院的官吏就没有这样的待遇了，他们所能够拿到的就是俸禄，其余的收