队分为两个系统，第一个是卫所制，这是沿袭几百年的军队编制，另外一个就是卫所制度逐渐不适应形势之后出现的总兵领兵制度。
郑勋睿不打算突破这个制度，他计划将两种制度结合起来。
按照郑家军所处的地域，郑勋睿将郑家军分为三块，南直隶为第一块。山东为第二块，陕西为第三块。分别以第一军、第二军和第三军称呼，在第一军、第二军和第三军的基础之上，设立旅一级的建制，以一万人左右的军士为一个旅，旅直辖营，每一营依旧是两千人左右的编制。
如此郑家军就形成了以军、旅、营为骨干的编制。不过关于军、旅、营的编制称呼，仅限于郑家军内部，对外是不公开的，避免引发皇上和朝廷过度的猜忌。
第一军、第二军和第三军都是混合型编制，包含有骑兵营、神机营、炮兵营、执法营、斥候营、骑兵营等等。第一军有专门的女兵营，第二军有专门的水师。
每一军之中，单独设立炮兵旅，突出炮兵的重要作用，第二军之中单设水师旅。
南直隶的第一军辖下四个旅，山东的第二军下辖五个旅，陕西的第三军辖下三个旅，每一旅由参将直接指挥，辖下五个到六个营，每一营由游击将军直接指挥。
军、旅、营都需要配备参谋官，由相应级别的军官担任，譬如说军一级的参谋官，必须由副总兵担任，其作用相当于监军，或者说几百年之后的政委。
军官的配置方面，严格要求，不得突破，每一军配备两名副总兵，六名到十名参将，三十名到五十名游击将军，游击将军以下的军官，按照原有的编制，不予变动。
郑锦宏依旧为郑家军的总兵，统领整个的郑家军，名义上领导郑家军的调查署。
南直隶的第一军，由刘泽清直接指挥，洪欣贵出任总参谋官，山东的第二军，由杨贺直接指挥，王允成出任总参谋官，陕西的第三军，由洪欣涛直接指挥，郑凯涛出任总参谋官。
内心里面，郑勋睿还是很想彻底打破大明军队之建制，重新来进行编制的，不过目前的时机不是特别的成熟，再说郑家军的将士，也不一定能够接受几百年之后的那些称呼，而且在郑勋睿的内心，还是有着浓厚的情节，那就是他率领的军队，将成为全世界的楷模，他所决定的军队的建制，逐渐完善之后，将成为全世界军队效仿的榜样。
郑家军的建制编制完成之后，搬迁到南京秣陵镇的讲武堂，开始了又一轮的培训，这一次的培训，郑家军所有的军官都要分批