成为了内阁首辅，钱士升雄心勃勃，作为内阁之中资格最老的大臣，能够到内阁首辅的职位之上，也算是功德圆满了，当然钱士升很明白，他这个内阁首辅，想着安安稳稳的过日子是不行的，他所承担的职责完全不一样。
大明朝廷面临太多的问题，开封府城的陷落，让不少问题直接暴露出来，譬如说各地赋税的欠额越来越大，户部所能够收取到的银子数量不断的减少，包括大明最为富庶的南直隶等地，因为郑勋睿的坚持，将漕粮抵作了赋税，上缴的银子也是不多的，其余地方就更不用说了，但朝廷的开销越来越大，辽东辽北需要稳定，需要防御后金鞑子，山海关驻军的军饷开销巨大，皇上和朝廷为了能够剿灭流寇，开征剿饷，让老百姓的负担愈发的大了，而剿灭流寇的开销更大，动辄就是百万两以上的白银。
不过皇上和朝廷面临最大的问题，还是郑勋睿和郑家军。
钱士升能够出任内阁首辅，与郑勋睿有着很大的关系。
皇上将郑勋睿和郑家军视为眼中钉肉中刺，欲除之而后快，可惜的是郑勋睿和郑家军的实力过于的雄厚，朝廷不敢轻举妄动，更加要命的是，后金鞑子的侵袭和流寇的造反，让皇上和朝廷根本没有精力去专门对付郑勋睿和郑家军。
钱士升出任内阁首辅，就是要帮助皇上解决这个最大的问题，也就是将主要的精力放到对付郑勋睿和郑家军方面，至于说后金鞑子和流寇，只要暂时能够稳住，拖一拖都没有多大的关系，想想流寇造反十多年时间了。没有闹翻天，至于说后金鞑子，侵袭辽东和辽北的时间就更长了。
钱士升上任之后，第一件事情就是收拢内阁的权力，周延儒担任内阁首辅的时候，内阁次辅以及内阁大臣全部都有票拟的权力。而且主持内阁商议重大事情，也是轮流转的，谁主持某一次内阁的会议，就能够对此次商议的事情票拟，这样内阁首辅的权势被极大的削弱，钱士升不会允许这等情况的出现，他专门给皇上写了奏折，要求还是由内阁首辅主持内阁商议诸多的事情，内阁次辅予以协助。
钱士升做的第二件事情。就是在朝廷之中巩固东林党人的根基，原则上五品以下的官员，内阁商议基本就能够确定下来，皇上的精力有限，不可能关心所有官员的任命，能够把握住五品以上官员的任命就很不错了，在内阁多年的钱士升是明白此中奥妙的，故而他巧妙的利用内阁商议官员任命的事宜。安排了很大一部分东林党人出任七品、八品甚至是九品的官员。
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