整治大运河的攻城，春节之前就开始了，具体负责这件事情的是南京吏部、南京户部、南京工部、南京都察院和漕运总督府。
各部门的分工非常明确，吏部重点负责各级官府的调配事宜，户部负责拿出来银子，工部负责具体的整治事宜，都察院负责监督施工过程是否有贪墨等事宜，至于说漕运总督府，则成为了牵头的部门。
郑勋睿下了如此之大的决心，出乎了所有人的预料，要知道以前朝廷整治大运河，负责的无非是工部，加上地方各级官府，不过也有人看出来了，郑勋睿是真正想着好好的疏通大运河了，这些年以来，大运河的淤堵已经成为众所周知的问题，漕运受到了很大的影响。
一方面停止了漕运，一方面开始大规模治理大运河，而且集合了很大的力量，投入了两百万的白银，看来是想着彻底整治大运河了。
不过此次整治的大运河，仅仅包括从浙江到山东这一段的距离，也就是从南面的杭州开始，到北面山东的德州，至于北直隶境内的大运河，暂时不会治理。
明眼人就能够看出来，整治这一段大运河，得到好处的是南方大部分的地方，包括北方部分的地方，可北直隶与此次的整治没有丝毫关系。
人员方面，被擒获的流寇俘虏，全部加入其中，此外采取招募人员做工、给付工钱的方式，保证重点河段做工的人员充足。
整治河道与春耕生产有一定的冲突，最好的时间应该是在秋收季节之后，也有人建议在秋收之后整治大运河，但郑勋睿不同意，他认为不能够继续耽误时间了。越是朝着后面拖延，面临的困难和问题就越多越大，到时候耗费的钱财也更多。
整修河道的人员以流寇的俘虏为主，只不过在某些特殊的工程段，为了保证工程进度，需要招募部分的百姓参与。这与春耕生产的冲突不是很大。
郑勋睿很关心大运河的治理，亲自过问，且全面负责大运河整治的并非是漕运总督曹驰，而是南京吏部尚书周延儒，毕竟曹驰的资历不够，没有那么大的号召力。
就连徐望华等人，都有些看不懂了，要知道郑勋睿的重点精力，应该是放在马上就要到来的征伐事宜上面的。不管怎么说，浙江总兵黄得功麾下有近二十万人，这是一股庞大的力量，再说郑家军征伐浙江总兵黄得功，这件事情需要找到充足的理由，否则很容易遭受到外界的猜忌和质疑。
徐望华等人也看出来了，郑勋睿对郑家军的掌控是异常牢固的，不管是南京的六部等。还是各