由于太平天国内部出现不和谐的声音，一贯忠心的陈玉成率部北上皖北，被困舒城，庐州城内的李秀成无法看着近在咫尺的陈玉成而不救，李秀成决定孤注一掷，猛攻三河镇，而杨一也针对现阶段的战况订出了相应的作战计划，对舒城的陈玉成围而不打，以重兵在三河镇一线等待着李秀成出城决战。就在双方厉兵秣马，枕戈待旦随时会爆发大战的时候，太平天国内部爆发了内讧，这使得远在皖北的李秀成和陈玉成陷入更加孤立无援的状态。自建都天京以后，杨秀清居功自傲，专横跋扈，上逼天王洪秀全，欲取而代之，曾假托天父下凡，借细小事故竟要杖责洪秀全，使洪、杨矛盾逐渐激化；下压首义有功将领，如呼奴使婢，杖责燕王秦日纲、兴国侯陈承熔、卫国侯黄玉昆等，引起部分将领对他不满。咸丰六年夏，太平军先后击破围困南京多年的江南江北两大营。杨秀清以为这是扩大个人权位的好机会，同时也为试探洪秀全对自己的态度，为最终夺取太平天国最高领导权作准备，杨秀清先是强令忠于洪秀全的陈玉成北上皖北，试图借新军的手消灭忠于洪秀全的力量。又派亲信到扬州接掌军队，进而于当年七月公然逼洪秀全亲到东王府封其为万岁。洪秀全佯为应允，暗中却密诏韦昌辉、石达开速回天京“勤王”。韦昌辉接到密诏以后，立即率领心腹武装三千于八月初三日深夜从江西赶回天京。韦昌辉到达南京后秘密联系秦日刚，派遣心腹占据城中各重要据点，然后对东王府发动进攻，杨秀清对韦昌辉的回来早有防备，也秘密将驻守扬州的五万大军调回南京，同时命亲信下属两万余人围困天王府，企图软禁洪秀全进而取代之。忠于洪秀全的部队与杨秀清的党羽在南京城展开激战，由于扬州大军的回城，忠于洪秀全的部队寡不敌众，洪秀全在天王府内被乱军所杀。韦昌辉、秦日刚率残部突围逃亡安庆。南京事变后，太平天国迅速分裂成数块，韦昌辉、秦日刚平素与石达开不和，洪秀全死后，二人打着清除叛逆杨秀清的旗号，伪造洪秀全的遗昭，将石达开诱骗到安庆，企图杀石达开后夺取兵权。幸亏安庆守将林启荣与石达开是一党，偷偷将韦昌辉和秦日刚的计划报告石达开，石达开闻讯后果断起兵，将二人擒杀，从而完全控制了太平军在西部的军政大权。控制西部的石达开随后宣杨秀清为叛逆，号召太平军各部讨之，石达开也在安庆集结大军准备北上南京。南京事变中站得上风的杨秀清，得知石达开的举动后，先是派人前往安庆，试图以高官许之，同时收拢南京附近