李之藻父子是帮助徐光启打理科学院的主要助手，随着李之藻的去世，连他的儿子也不得不辞官回乡守孝去了，科学院的工作显然是要混乱上一阵了。
而金尼阁作为耶稣会在中国传教士的领导人物，自上京城以来，对于崇祯安排的各项翻译事务，和筹建科学院的工作，都付出了极大的心思，并没有纠缠于传教业务不放，为崇祯提供了不少帮助。
至于邓玉函，在崇祯心里的地位就更重要了。事实上，失去了这位传教士，才是最让崇祯感到痛心的。因为只有这位传教士在医学、自然科学和唯物思想上，能够和他进行毫无顾忌的交流，丝毫没有畏惧于天主教的教义。
“…文明和文明的碰撞，思想和思想的交流，就是海纳百川，山聚微尘的一个过程。中华文明之所以数千年而屹立不倒，便是因为我们从未故步自封，汉入西域，唐临北海，宋越重洋，取周边各国之文化融入到我中华文明之内。
现在有金尼阁先生、邓玉函先生等，诸位先生不远万里而来，冲过了大洋上的重重危险，抵达了世界的这一头。他们为我们带来了这个世界另一头的知识、文化和思想，开启了我们的眼界。也让我们知道，这个世界非独有我中华文明之存在，在万里之外尚有另一种文明之存在。
我们应当记住两位先生对于我国所作出的这种贡献，我们同样也应当牢记，我们在这个世界并非独一无二。我们需要时时睁开眼睛望向远方，去踏足我们从未去过的地方，去了解我们从未见过的风土人情，去欣赏有别于我们的文明。
唯有如此，中华文明才能从伟大走向更伟大，我们才能永远屹立于世界之最顶端…”