内圣”之学，把个体从礼教束缚中解放了出来，使人们更为注重个体的体验，因此受到朝廷中反对势力的打击报复，被冠以“邪说”、“反叛”、“异学”、“异端”等称呼。
虽然王学在隆庆元年被朝廷上层认可——本书前文曾说过，当时内阁之中从徐阶往下，有一大批心学门徒，不说把持朝政，至少也是强势影响朝政的。不过，彼时心学门人之中也还是有不少遭到政敌报复打压，导致一大批为官的王学后学被贬黜或下狱。
如浙中学派的钱德洪被弹劾入狱，自其出狱后到去世的三十年间，都再无一官一职；王畿则被斥为“伪学小人”，导致他主动辞归隐逸达四十年；彭季山二度被贬后便罢官归家；罗念庵因为直谏被贬为民等等。在这样的打压下，王学的影响力日益减弱。
[注：这里的打压主要是张居正为首的朝廷干的，高拱因为秉政时间较短，反倒干得少些。不过从朝廷角度来说，高拱也好，张居正也罢，这么做倒也无可厚非。]
其二是理学家的非难。顾宪成批判王阳明的“无善无恶”是以善为恶，以恶为善，“在吾儒则阴坏实教也”，是对礼教法制的败坏；又否定“心即理”的普遍意义，认为“心即理”只有圣人能做到，普通人用之“其势必至自专自用，凭恃聪明，轻侮先圣，注脚六经，无复忌惮”。
顾宪成作为欧阳德的再传人，以东林党领袖的身份批判王阳明，可以说对心学打击甚大。东林党人的另一领袖高攀龙与顾宪成一唱一和地对王学进行批评，认为“无善无恶心之体”破坏名教，是“大乱之道也”，并批判王阳明的“龙场悟道”，悟的是佛老之旨，不是儒家格致之旨，这就从根本上否定了王学。
顾、高对王阳明的批判，成为明末清初学者对王学批判、清算、发难的始作俑者。其后有张杨园、陆稼书、张武承、黄宗羲、陆桴亭、顾炎武、张伯行、王夫之等一批继任者对王学进行了不同程度的批判与反思。
至清初的颜元，更是提出惊人的“以学术杀天下”的论断以非难王学，这对王学无异于是釜底抽薪，是“必杀之而后快”了。
其三便是实学思潮的兴起。如果说阳明心学的兴起是为了救治程朱理学支离、没有生机的弊端，那么“实学”的兴起就是为了救治阳明心学空疏、虚无的弊端。
面对内忧外患的晚明政治，“亡天下”的危机催逼出一批呼吁经世致用的学者。朝堂之上的先不必说，士林之中的代表人物则为黄宗羲、顾炎武、方以智、王夫之等。