世间百毒唯有自弃最毒，无药可医。
后燕已经放弃治疗了，北魏当然不给他们翻身的机会，拓跋珪一早就计划好了，只要慕容垂一死，立刻对后燕展开猛攻。
显然时机已经到了。
而且后燕的局势远比拓跋的预期更为混乱，讨伐起来也将更容易。
396年6月1日，北魏大军的先头部队开始东进，将军王建等人，率先攻击后燕广宁郡长刘亢泥，很快便攻陷城池，并将刘亢泥斩首，所有部众全都迁移到平城。
后燕上谷郡长、开封公慕容详，自忖不是对手，立刻弃城逃走。
拓跋珪非常满意，更加确信伐燕的正确性，下令动员全国的武装部队，对后燕实施毁灭性打击，正式向中原入侵。
8月28日，军队整装待发，步骑兵组成40多万人的庞大混合兵团，南下穿过马邑，越过句注山，军旗招展二千多里，战鼓声中，直指并州，由左将军李栗，率五千骑兵担当前锋，另将军封真等人，从东边穿过军都，袭击幽州，两路大军同时并进。
9月18日，北魏南征军抵达阳曲，沿着西方山脉直指晋阳，大军环绕晋阳城，拓跋珪下令先进行呐喊骚扰，然后暂行撤退。
辽西王兼并州州长慕容农当即率军出击，结果大败而回，但在回城时，军政官慕舆嵩突然叛变，紧闭城门，拒绝慕容农入城，慕容农于是带着妻子儿女在数千骑兵的保护下，向东逃去。
拓跋珪早就听过慕容农的名声，立刻派中领将军长孙肥展开追击，最终俘虏了慕容农的妻子儿女，并消灭了数千骑兵，慕容农负伤带着三个卫士逃回京师。
虽略觉遗憾，但北魏已完全占领并州全境，拓跋珪还是很开心的，也开始建立朝廷，并委派州督导官和郡长。
中原毕竟还是汉人居多，拓跋珪为了拉拢人心，下令政府助理行政官以下官员，全都由知识分子担任，任何一个士大夫，前往军营大门谋求职位的，不管老幼，全都迎入大营，由拓跋珪亲自接见，使每人说完要自荐的话，只要一点才干，就加以录用，然后任命立法院主任立法官张恂等人为各郡郡长，专门负责招徕安抚流亡失散的人民，鼓励并奖赏他们耕田养蚕，恢复民生。
与此同时，外派的辅国将军奚牧也成功夺取汾川土地，北魏自出兵南下以来，大小战役未尝一败。
前期进展顺利，拓跋珪下令秘密开凿韩信当年进军时使用的、早已湮没的故道，并于一个月后开凿完成，大军沿故道东下，穿过井