再度控制局面，会稽王世子司马元显终于可以放轻松了，有刘牢之把守，孙恩终究成不了什么大气候。
400年底，司马元显以安帝司马德宗的名义下诏，任命自己开府仪同三司、扬豫徐兖青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州军区司令长官，兼徐州督导官，封儿子司马彦璋为东海王。
几天后，因天上星象发生变化，司马元显主动解除了主管朝廷机要的职务，但很快又加授政府最高行政长官。
这孩子玩得不变乐乎，让朝廷官员大为苦恼，政府文官部长车胤，愤愤不平地找到会稽王司马道子，请求他出面好好管一管无法无天的儿子，可是司马道子整天浑浑噩噩，美酒已占据了他所有生活空间，哪有工夫管儿子呢，车胤最终无功而返。
但这件事让司马元显听说了，气势汹汹地问他爹：“车胤是不是想离间我们父子感情？”
司马道子不置可否，只顾拼命饮酒度日，司马元显一怒之下派人冲到车胤的府上，用暗示加强迫的手段让车胤自杀。
到了401年2月1日，孙恩再度出手，从浃口进攻句章，被刘裕击退，刘牢之得到消息，立刻与刘裕会师，发动大规模反攻，孙恩重新退回海上。
这之后，孙恩又进行了数次尝试，全都无功而返，于是决定绕过句章，向北直扑海盐。
刘裕发现了敌人的动向，立刻率领机动部队尾随追击，干扰变民的行动，并抢先在海盐老城构筑阵地，等到孙恩大军赶到，一时不能攻克，反而死伤惨重。
但城中的政府军到底太少，时间一长，终究很难抵挡，刘裕便连夜把军旗收起来，派精锐部队全部藏匿埋伏，到了第二天，下令大开城门，并让几十个老弱残兵登上城墙。
变民大军很快又来攻城，发现这种阵势，忍不住问城上的士兵：“刘裕在哪里？”
士兵回说：“昨夜已逃了。”
城门大开，军旗全无，城上的守军也都是老弱病残，不由得变民不信，立即一拥入城，结果被刘裕埋伏的精锐伏兵打得落花流水，孙恩无奈之下只得放弃海盐，继续向北推进，攻击沪渎。
刘裕也放弃海盐，继续尾随追击。
海盐县长鲍陋得知刘裕的战绩后，非常兴奋，准备派儿子鲍嗣之，率县里的士卒一千人担当讨伐变民的先锋。
刘裕察看了一下这一千人的队伍，婉拒说：“贼寇的军队十分强悍，如果前锋失利，势将影响我们的主力部队，你既有心为国杀敌，最好作为殿后，壮一