报告：“桓玄严重丧失人心，部众不肯听命，如果政府派军讨伐，我可以作为内应。”
司马元显大喜过望，迅速派张法顺到京口，与镇北将军刘牢之密谋，但刘牢之却面露难色，认为讨伐桓玄有重大困难。
张法顺识趣地原路返回，告诉司马元显：“观察刘牢之的神色，意志并不坚定，只怕将来会不受控制，最好把他召回京城诛杀，不然将破坏大事。”
司马元显目前只能依靠刘牢之的北府兵，岂能轻易杀他，虽然刘牢之不怎么支持讨伐桓玄的行动，但料想也不会阻挠，于是大肆整顿水师，招募战士，建立舰队，准备对桓玄采取军事行动。
402年正月1日，经过几个月紧锣密鼓的备战，司马元显正式以司马德宗的名义下诏宣布南郡公、荆州督导官桓玄的罪状，并任命自己为骠骑大将军、全国剿匪总司令官、全国各军区总司令长官，假黄铖，又任命镇北将军刘牢之为前锋司令官，前将军、谯王司马尚之为后卫，晋升会稽王司马道子为皇家师傅，下令中外戒严，大军即刻开拔，西上讨伐桓玄。
这时张法顺提议说：“骠骑将军府的军政官桓谦兄弟，虽然在京城，可是却一直做长江上游的耳目，应该先行斩决，杜绝阴谋！刘牢之反复无常，万一发生变化，大祸立刻来临，不妨让刘牢之杀了桓谦兄弟，表示忠心，如果刘牢之不肯听命，就证明他心怀不轨，应该先杀以绝后患。”
司马元显心说这刘牢之招你惹你了，老是打人家的主意，坚决拒绝道：“今天除非是刘牢之，没有第二个人可以与桓玄为敌，而且军事行动刚开始，就诛杀大将，岂不自乱军心！”
张法顺再三坚持，司马元显则再三拒绝，张法顺没办法，只得退一步，说要诛杀京城里的桓氏族人，以杜绝他们与桓玄结合，司马元显仍旧不同意。
因为桓家几世以来都在荆州颇有威望，桓冲的名气尤其响亮，深受当地百姓的爱戴，而桓谦正是桓冲的儿子，司马元显非但不杀桓家人，反而擢升桓谦为荆益梁宁四州军区司令长官、荆州督导官，以此收买上游的民心。
桓玄本以为朝廷内部的严重问题太多，无暇对付自己，有大把时间养精蓄锐，想不到讨伐令突然发布，倒是打个他措手不及，打算坚守江陵，再见机行事。
秘书长卞范之顿时有种恨铁不成钢的冲动，一脸焦躁地说：“阁下英明神武，威名传播四海，司马元显乳臭未干，刘牢之早已失去民心，我们大军如果能挺进到京畿，明白指出祸福利弊，朝廷大军势必立刻土