404年3月5日，滞留在建康的楚国宰相王谧，果真是个识时务的俊杰，发现桓玄已经靠不住了，立刻转投刘裕的怀抱，率先提出推举刘裕为京畿卫戍总司令。
刘裕心里暗爽，但当然要表示拒绝了，这样才能显示谦逊的品质，不但坚决拒绝，还反过来任命王谧为高级咨询官、宰相、京畿卫戍总司令，主管朝廷机要。
王谧也谦让了一番，但谦逊的美名一定要留给刘裕，所以坦然接受了任命，然后推举刘裕使持节、扬徐兖豫青冀幽并八州军区司令长官、徐州督导官，然后按照刘裕的意思，擢升刘毅为青州督导官，何无忌为琅邪郡长，孟昶为建康市长，刘道规为义昌郡长。
战争暂告平息，新政府组建完毕，接下来就到刘穆之大显身手的时候了。
刘裕刚进京时，除了军事，其他大事小事全都交给刘穆之处理，刘穆之艺高人胆大，本着来者不拒的心态，仓卒之间进行裁决批示，全都处理得井然有序，轻重缓急分析得极为透彻，刘裕对此十分满意，也觉分外惊喜，毕竟他自己是个文盲，许多事情都没有能力完成，从此把刘穆之当作最亲密的必腹，一切行动都先征求他的意见，刘穆之也竭尽忠心，没有任何隐藏，两人渐渐形成了石勒张宾、苻坚王猛一类的组合，为南朝的开启奠定了基础。
东晋末年的政治法律已经非常松弛，纪律破坏严重，根本没有人遵守，豪门强族横行无忌，人民穷苦屈辱，哭诉无路，再加上司马元显把政令当作儿戏，更加一团混乱，到了桓玄改朝换代，虽然开始也想进行整顿，但他没有过硬的才能，也没有得力的助手，一番折腾之后，各种规章多如牛毛，官民无所适从，局面更显混乱。
刘穆之主政之后，针对这一环境现状，有针对性地一一矫正，不贪图立刻生效，而是采用层层剥茧的办法，逐步扭转国家的颓势，刘裕又习惯以身作则，先用严刑竣法管束内外，再落实到各行各业，各门各部，文武官员全都谨慎小心地在职工作，不满十天，建康风俗大改，民间全都欢庆鼓舞。
公事基本确定，刘裕的私事也渐渐抛了出来。
实际上在刘裕进京之后，一系的动作就已经表露了自己的私心，王谧固然是望风使舵的好手，但能在兵变之后还受重用，很大程度上是因为昔日的一番经历。
刘裕刚出道时，名望既小，官位又低，性格还轻浮狡狯，品行不端，社会上层人士都不肯与他来往，只有王谧对他另眼相看，认为他不同寻常，日后定有大出息，还不时帮助他脱离困境。