与北齐一样，南陈也有很大的政治缺陷，只不过二者略有差异，北齐是因为新任统治者荒淫无道，而南陈则是因为立国根基不稳。
陈茜继位之后，尽力让国民休养生息，也颁布了不少利国利民的好政策，算是这段历史上不错的君主，但他的这些努力仍不能弥补南陈的先天不足。
陈霸先当初依靠武装力量勉强在长江下游组建新的领导班子，但他没有背景，更没有名望，对于新的国家而言，缺乏足够的凝聚力，更没有号召力，许多江东土著和地方军阀，都是迫于形势，临时向南陈称臣。
就像联邦和邦联的区别，南陈最初那些年实际不算一个真正意义上的国家，更像是一帮军阀临时组成的松散联盟，当成员的切身利益遭到或是即将遭到侵犯，分裂是避免不了的。
南陈自立国以来，建康当局一直没有停止镇压各处的叛乱，问题的根源就在于此。
陈霸先刚刚称帝时，为了拉扰当地土豪留异，特别把女儿丰安公主嫁给他的儿子留贞臣，并征召留异当南徐州州长，留异当时推拖不肯离开根据地，陈霸先为避免爆发冲突，所以也没有强求，但留异一直心存异志。
陈茜上位之后，仍让留异当缙州州长、东阳郡长，留异之后经常派秘书长到建康晋见，秘书长暗中查控建康的虚实，回报留异说中央政府软弱无力，留异于是另有所图。
击退王琳之后，陈茜对留异心存忌惮，派首都东区卫戍司令官沈恪，前往接替留异的官职，留异直接派军队在下淮构筑营垒，拒绝沈恪前进。
但留异很快上疏陈茜，解释与沈恪的误会，请求对自己处罚，陈茜也因兵力一时难以集中，所以下诏安抚。
这种貌合神离的状态持续了几个月之后，留异知道中央迟早要攻击自己，于是在下淮和建德驻扎军队，戒备中央水军。
561年12月15日，陈茜正式下诏让最高监察长、南徐州州长侯安都，率军讨伐留异。
562年初，陈茜征召周迪移驻湓城，并让他的儿子到建康当人质，周迪既不前往湓城，也不送儿子当人质，暗中与留异结合。
闽州州长陈宝应是留异的女婿，也站在留异这边，与中央决裂。
各地的割据势力中，只有一个豫章郡长周敷，仍向南陈效忠。
3月8日，陈茜任命安右将军吴明彻为江州州长，率高州州长黄法氍、豫章郡长周敷，共同讨伐周迪。
周迪没能支撑太久，不到一年，便投奔晋安，依靠闽