学校还发生了反对学监的暴乱。达尔文曾為暴乱的学生们欢呼。
亨斯洛教授带领学生们在旅行中採集植物，达尔文也继续忙於捕猎昆虫。激进分子理察卡莱尔和罗伯特泰勒发表了一封挑战书，邀请剑桥的行政人员和牧师讨论基督教的功过。
据他们说，大约50名年轻大学生的信仰发生动摇。达尔文就在其中，但準备悔过，后来他将泰勒称作「魔鬼的牧师」。
暑假的时候他在家乡及附近搜集甲虫，6月中旬的时候病了半个月。史蒂芬的《应该昆虫血图鑑》印好了，达尔文被列入捕获者致谢名单。
抽空速读了塞繆尔理查森的《克拉丽莎》。詹姆斯麦金托什告诉他，大脑的功能可以被教育改变。因而并非天生，不可能被脑袋形状所反映。达尔文表示赞同，并放弃了对颅相学的信仰。
投入考前的準备。考试的内容来自古典著作、《新约》和威廉帕利的《基督教的证据》。
在帕利的论述中，存在「奖惩分明的未来国度」的这样一种观念，「把秩序赋予混乱，让道德世界与自然世界融為一体」。
达尔文与亨斯洛教授结成深交，二人常常一起散步。与其他一些学生前往甘姆林盖、博蒂舍姆等地採集动植物，亨斯洛很快发现他是个可造之材。
研读了亚歷山大冯洪堡的《南美洲旅行记》和威廉赫歇尔的《自然哲学研究入门》，立志「在对於建筑高贵的自然科学之宫方面，儘力提供自己一份最微薄的贡献」。
他想像洪堡一样探访特内里费岛，询问了去加那利群岛的船期和票价。亚当赛奇威克来到芒特庄园，带达尔文去威尔斯北部山区探险。
这次旅途中达尔文学到不少地质学知识，买到的第一个测角仪也派上了用场。一行人在埃尔维河沿岸洞穴找到不少动物骨骼，然而之后前往海岸的路途中对化石的搜寻却无结果。
途中赛奇威克曾无根据的指控侍者盗窃，达尔文与其起了冲突，便开始了独自一人的探索。回到家乡后，他接到了亨斯洛和皮科克寄来的信，裡面是一张环球旅行的船票。
《小猎犬号之旅》
原来，海军正為罗伯特菲茨罗伊船长寻求一个伙伴，来开展对南美洲海岸的考察。
亨斯洛认為，达尔文就是他们要寻找的人，他不仅是个年轻绅士，而且也具备基本的博物学素养。
小猎犬号正式起航时，达尔文并不适应，晕船的反应十分强烈。傍晚又遇上风暴，菲茨罗伊被迫下令返