还有布里亚特蒙古，则是接受蒙古本部管辖的“林中百姓”。蒙古本部主要由原先归属成吉思汗幼子拖雷的左翼诸部与右翼诸部以及等同于独立藩镇的科尔沁部组成。
卫拉特蒙古又称瓦剌，最早为蒙古太师建立的汗国，在明初大元式微之际崛起，并在也先可汗时期达到鼎盛。不过也先被暗杀死后，瓦剌部分裂为杜尔伯特与准噶尔两部，一落千丈，其余部落也随之进入分裂割据的状态。察哈尔部趁势而起，黄金家族嫡系后裔巴图蒙克与瓦剌征伐数年后奠定胜局，并随后统一东部蒙古，自称“达延汗”，意通“大元汗”。
其时蒙古诸部因为攻伐族群混乱，达延汗便将统治的东部蒙古重新划分为左右翼各三部，左翼三部即察哈尔部、兀良哈部、喀尔喀部，右翼三部即土默特部、永谢布部、鄂尔多斯部，由几个儿子分别管领。吴三桂所说的“插部”、“秃马”分别是明朝对察哈尔与土默特两部的称呼。
达延汗死后，其一支孙辈俺答振兴土默特部，察哈尔部可汗、蒙古宗主大汗库腾汗十分畏惧，赠他索多汗之号，俺答遂成为右翼之主。随后与明朝交攻多年不休，后明朝封俺答为顺义王，并答允开放边境十一处互市，战事方息。而库腾汗被俺答驱逐，同时将左翼的察哈尔部彻底徙居至靠近辽东之地。此举与建文年间兀良哈部迁徙至明朝边界定居、嘉靖年间鄂尔多斯部奉成吉思汗的“八白宫”举族迁徙到河套地区等事件交叠在一起，终于致使蒙古诸部格局大变，形成了漠南、漠西、漠北三大部分。
漠南蒙古便是东迁的察哈尔、土默特诸部加上原本就居住在蒙古东南地区的科尔沁等部，这些部落靠近明朝边境，被明朝专称为鞑靼或北虏。原来就掌控着蒙古西部及青海等地的瓦剌或称卫拉特蒙古则是漠西蒙古的主体，只不过瓦剌衰败后，其下的和硕特部兴起，成为新的汗国。留在蒙古北部未动的喀尔喀部等部则是漠北蒙古。在漠北蒙古之北，尚有布里亚特等部，不过它们与蒙古主体的联系已经淡了很多。
俺答汗之后，察哈尔部慢慢复兴。万历三十二年，林丹巴图尔继位大汗，称“林丹汗”。当时察哈尔部虽有汗名，但土默特、鄂尔多斯等部压根就不把林丹汗放在眼里，至于更远的喀尔喀部更是直接拒绝承认汗位。林丹汗志向远大，一面极力凝聚内部势力，先后得到了喀尔喀等部的顺从与重新朝觐，一面向外与敌对的卫拉特蒙古、女真诸部及大明等交战，风头一时无二，明廷甚至称“虎墩兔憨为虏中名王，尤称桀骜”——虎墩兔憨即明朝对林丹汗的称呼。