却说蔡邕被王允送交廷尉问罪，虽知自己并非真心偏向董卓，但却不想强词辩白。
作为史官，蔡邕还想续写汉史。
为了能够实现自己的愿望，便向王允谢罪说：“吾虽算不上忠臣，也晓知大义。古今国家安危的道理，经常听入耳，说出口，怎么能背叛国家偏向董卓呢？我狂语瞎说，祸从口出。请求给予刻额染墨、截断双脚的刑罚，以求继续完成汉史。”
士大夫大多同情并想营救蔡邕，纷纷向王允求情。
已经变得居功自傲、目空一切的王允，哪里听得进去，众人营救王允之举毫无结果。
太尉马日磾听说后，心急如焚，急忙找王允为蔡邕求情：“伯喈是旷世奇才，清楚很多汉朝故事，应让其续写汉代历史。况且伯喈以忠孝闻名于士大夫之中，若获罪被杀，恐有失众望，人心不服。”
“什么刻额染墨、截断双脚。蔡邕之所以请求如此处罚，是想学司马迁。”王允说，“过去汉武帝不杀司马迁，让其写史著书。然而，多有诽谤句词流传后世。现今国家中途衰落，政权不稳，不能让奸邪谄媚佞臣在幼主身边写文章。这既不能增益圣上仁德，又会令我等一并蒙受毁谤议论。”
马日磾无奈，只得退出，感慨地对别人说：“王允大概不能长久！”
众问：“何以见得？”
马日磾说：“善待人才，是国家得以维持发展的命脉，而让国家经典得以流传，是重视国家制度和创作的保障。像王允这样不重视贤才，切断国家命脉，阻碍国家经典流传，难道能维持久远吗？”
蔡邕终于冤死狱中，终年六十岁。
蔡邕死后，朝野上下，无不议论纷纷，良臣、贤达、文人、志士无不为之哀痛。
有良臣问王允：“董卓信任蔡邕，是因为想借其威望沽名钓誉，而蔡邕并未助纣为虐。如果与董卓同党，明知司徒及众公卿痛恨董卓，依其胆量怎敢在司徒面前表现同情之状？”
王允不语。
又有贤达问王允：“司马迁所作史记，是一部奇书流传后世，功劳无与伦比。直书史实，不隐瞒孝武皇帝过失，怎能算是诽谤？司徒却认为孝武应早杀司马迁，不至于留下诽谤之语。司徒仗义除贼，何谤之有？今欲杀蔡邕，恐怕作书留下毁谤议论，难道还有见不得人的不义之举吗？”
王允无以应对。
还有志士对王允说：“司徒不惜矫情曲意，偏违原则，谄媚逢迎，乃是正义；而蔡邕受到重用，多次劝谏匡