之战争带来的伤害，各地百姓忍无可忍，终于起来反抗。
各守执大名忙于相互争斗，无暇顾及百姓的反抗，便将镇压的任务交给了各自的守护代（守护代其实就是代理守护，守护大名因为人在中央，让信任的家臣代理统治地方，产生了守护代，基本上就是代理大名）或家臣。这些守护代或家臣原本就有很强的实力，在镇压农民的反抗过程中，他们的实力更加壮大，逐渐产生了取而代之的念头。他们凭借自己强有力的私人武装，放逐甚至谋害主家，自己成了领主。
除了守护代或家臣，一些地方豪强乃至富甲一方的商人也趁机组织私人军队，侵夺原守护的权力，将地方守护的领国变成自己的领地。
他们的权力不受幕府约束，更不用听幕府号令，权势和领地都是靠自己一刀一枪夺来的。
这些新崛起的割据势力为获得更大的领地和权力，相互征伐、彼此对抗120余年，这段乱世被后代称为“战国时代”，而这些地方军阀则被称为“战国大名”。
从应仁元年（1467年）到文明九年（1477年），这场大乱才暂时打上休止符，幕府也重新复归于一。
这场持续了十一年之久的混战史称“应仁之乱”。
战争结束后，足利义尚成为了将军，足利义视逃到了美浓。从此幕府的大权完全掌握在了细川政元的手中。
在这场长达十余年的战乱中，京都化为一片焦土，街道、普通民屋、王侯宅邸、古寺名院均无一幸免，绝大部分宫廷宝物秘籍被付之一炬，甚至连将军宅邸花之御所也化为废墟。由于众多守护大名集合京都混战，地方上以“守护代”为代表的武士势力开始强大。
损失最惨重的莫过于幕府，幕府的优柔寡断是引起战乱的主要原因，因此威信全失。饥荒和战乱还导致了大量的庄园公领破产，庄园公领制此后完全崩溃。
地方上，领地国人、商人、自治团体纷纷趁乱而起，一个以下克上的乱世开始了。
尽管“应仁之乱”未见最终胜负，但幕府权威与支配力一落千丈，各守护大名拥兵自重，割据雄霸一方，由此实际上成为日本进入漫长战国时代的标志事件。
这些战国大名包括篡夺出云守护京极氏实权的尼子经久、驱逐美浓守护土岐氏成为大名的斋藤道三，此人后来成为了战国一代枭雄织田信长的岳父。
“三管领”之一、尾张守护斯波氏，也因大权旁落而被守护代织田氏独揽大权，后织田信长继承家业，统一织田氏族，